Theo kết quả Kiểm toán Nhà nước về việc trích lập, quản lý, sử dụng Quỹ bình ổn giá xăng dầu và công tác quản lý, điều hành giá xăng dầu giai đoạn 2015 - 2016, các đại lý kinh doanh xăng dầu đầu mối đã được hưởng chênh lệch lớn. Việc hưởng lợi này xuất phát từ chính sách tính thuế chưa hợp lý của cơ quan điều hành giá xăng dầu.
Kiểm toán Nhà nước cho biết năm 2015 và 5 kỳ điều hành đầu tiên năm 2016, Liên Bộ Công Thương - Tài chính áp thuế nhập khẩu ưu đãi thông thường từ các thị trường khác MFN (20%) trong điều hành "không phù hợp với thực tế phát sinh tại các đầu mối nhập khẩu, dẫn tới giá cơ sở tăng lên, tạo một khoản thặng dư lớn cho các đơn vị đầu mối".
Theo tính toán, nhờ khoản chênh lệch về thuế nhập khẩu này, 10 thương nhân đầu mối được kiểm toán đã hưởng lợi khoảng hơn 3.375 tỷ đồng.
Từ kỳ điều hành cuối tháng 3/2016, việc tính toán giá cơ sở tại Liên Bộ được áp dụng thuế bình quân gia quyền, tuy có hợp lý hơn, nhưng chỉ mang tính tình thế, không giải quyết được tận gốc vấn đề, vì vẫn phát sinh chênh lệch thuế nhập khẩu giữa xây dựng và thực tế. Theo đó, 10 thương nhân đầu mối trong năm 2016 vẫn phát sinh chênh lệch hơn 1.433 tỷ đồng.
Phân tích cụ thể, cơ quan kiểm toán cho biết, qua kiểm toán sổ sách thực tế riêng mặt hàng dầu diesel các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu được hưởng lợi khi thuế nhập xăng từ ASEAN (ATIGA- 10%) từ 5-25% trong năm 2015; và 0,6 - 10% năm 2016. Đây là nhân tố tác động chính làm giá cơ sở thực tế tại đơn vị thấp hơn so với giá cơ sở do Liên Bộ điều hành, khiến doanh nghiệp tăng thêm lợi nhuận khoảng 4.800 tỷ đồng. Đơn vị lãi nhiều nhất là Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex) khoảng 3.000 tỷ đồng.
Cũng theo kết luận, Kiểm toán Nhà nước cho hay Liên Bộ xác định chưa chính xác về giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt, khiến chênh lệch thuế tiêu thụ đặc biệt và giá trị gia tăng (VAT) tại 4 kỳ điều hành (tháng 7 và 8/2016) là hơn 216 tỷ đồng.
Liên Bộ cũng xác định chưa hợp lý về tỷ giá tính thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, Thuế VAT, dẫn đến tính thiếu 214 tỷ đồng qua 17 kỳ điều hành tại 10 đơn vị đầu mối.
Tuy phát hiện ra chênh lệch tài chính lớn trên 4.800 tỷ đồng nhưng Kiểm toán Nhà nước chỉ kiến nghị các đơn vị đầu mối được kiểm toán nộp vào ngân sách các khoản thuế phải nộp tăng thêm 252 tỷ.
Kiểm toán Nhà nước cũng cho rằng việc áp dụng thuế bình quân gia quyền chưa đảm bảo cơ sở pháp lý vững chắc, cũng như tính minh bạch, rõ ràng trong quy định.
Cơ quan kiểm toán cũng kiến nghị Bộ Tài chính cần nghiên cứu, áp dụng thống nhất một mức thuế nhập khẩu xăng dầu phù hợp, có thể ở mức 0%, để thuận lợi trong quản lý, điều hành giá và hạn chế tối đa trốn lậu thuế. Thuế tiêu thụ đặc biệt với xăng dầu cũng được kiến nghị sửa đổi để phù hợp tính toán giá cơ sở, đảm bảo nghĩa vụ thuế và tránh thất thu ngân sách.
