Theo chương trình, Hội nghị sẽ thảo luận và quyết định về: Quy chế làm việc của Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư; Quy chế làm việc của Ủy ban Kiểm tra Trung ương; Quy định thi hành Điều lệ Đảng; Quy định về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật Đảng; việc giới thiệu nhân sự lãnh đạo cấp cao của các cơ quan nhà nước và một số vấn đề quan trọng khác.
Trong bài phát biểu của mình, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng nêu rõ những nội dung trình Hội nghị Trung ương lần này "là những vấn đề rất cơ bản và hệ trọng. Đề nghị Trung ương dành thời gian nghiên cứu, thảo luận, xem xét và quyết định vào cuối kỳ họp".
Về Quy chế làm việc của Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Ủy ban Kiểm tra Trung ương, theo Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng, đây là việc cụ thể hóa Điều lệ Đảng, quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, trách nhiệm, quyền hạn, chế độ làm việc và phương pháp công tác của các cơ quan lãnh đạo Đảng, bảo đảm thực hiện đúng nguyên tắc sinh hoạt và hoạt động của Đảng, đặc biệt là nguyên tắc tập trung dân chủ.
Trên cơ sở kế thừa Quy chế làm việc của khóa XI và các khóa trước đây, bám sát Nghị quyết Đại hội XII và Điều lệ Đảng, Quy chế làm việc của Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Ủy ban Kiểm tra Trung ương khóa này cần có những quy định cụ thể, chặt chẽ, phù hợp với thực tiễn, bảo đảm phát huy tốt hơn nữa dân chủ trong sinh hoạt của Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Ủy ban Kiểm tra Trung ương, đồng thời giữ nguyên kỷ luật, kỷ cương trong Đảng; giữ vững chế độ lãnh đạo tập thể, tăng cường trách nhiệm cá nhân, nhất là người đứng đầu; nâng cao năng lực và hiệu quả lãnh đạo của Đảng…
Về quy định thi hành Điều lệ Đảng, quy định về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật của Đảng, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng nhấn mạnh, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XII của Đảng đã thông qua Báo cáo tổng kết việc thi hành Điều lệ Đảng khóa XI; quyết định không sửa đổi, bổ sung Điều lệ Đảng hiện hành. Đại hội giao Ban Chấp hành Trung ương khóa XII hướng dẫn, quy định cụ thể và tăng cường kiểm tra, giám sát, bảo đảm thi hành nghiêm, thống nhất Điều lệ trong toàn Đảng.
Bộ Chính trị đã chỉ đạo Ban Tổ chức Trung ương, Ủy ban Kiểm tra Trung ương và các cơ quan có liên quan phối hợp chuẩn bị các tờ trình và dự thảo các quy định. Nội dung của Tờ trình và các dự thảo quy định đã bám sát Báo cáo tổng kết việc thi hành Điều lệ Đảng khoá XI, trên cơ sở các quy định 45, 46 ngày 01/11/2011 của Ban Chấp hành Trung ương khoá XI để đề xuất những nội dung cần hướng dẫn, quy định cho phù hợp với thực tiễn thi hành Điều lệ Đảng.
Đáng chú ý là Hội nghị cũng sẽ tiến hành giới thiệu nhân sự lãnh đạo cấp cao của các cơ quan Nhà nước nhiệm kỳ 2016-2021, một công việc được Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng khẳng định "là công việc rất hệ trọng".
Tại Hội nghị Trung ương 2 khoá XII (tháng 3/2016), Ban Chấp hành Trung ương đã thống nhất cao là cần sớm kiện toàn các chức danh lãnh đạo các cơ quan Nhà nước ngay sau Đại hội để đáp ứng yêu cầu triển khai tổ chức thực hiện Nghị quyết Đại hội XII của Đảng. Ban Chấp hành Trung ương đã xem xét, bỏ phiếu giới thiệu nhân sự kiện toàn chức danh Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Quốc hội và cho ý kiến giới thiệu nhân sự đảm nhiệm 34 chức danh lãnh đạo khác của các cơ quan Nhà nước.
Tại Kỳ họp thứ 11, Quốc hội khoá XIII (tháng 3/2016), Quốc hội đã bầu Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Quốc hội và bầu hoặc phê chuẩn đối với 34 chức danh lãnh đạo khác của các cơ quan Nhà nước.
Đến nay, sau khi bầu được Quốc hội khoá XIV (2016 - 2021), Ban Chấp hành Trung ương có trách nhiệm tiếp tục chuẩn bị và giới thiệu nhân sự để Quốc hội khoá mới bầu hoặc phê chuẩn theo quy định của pháp luật.
Tại Hội nghị này, Bộ Chính trị đề nghị Ban Chấp hành Trung ương xem xét, giới thiệu nhân sự theo hướng: Đối với các chức danh Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Quốc hội và 34 chức danh lãnh đạo khác của các cơ quan nhà nước đã được Hội nghị Trung ương 2 khoá XII (tháng 3/2016) bỏ phiếu giới thiệu hoặc cho ý kiến thông qua với số phiếu tín nhiệm cao (thấp nhất cũng trên 72%) thì Ban Chấp hành Trung ương không tiến hành bỏ phiếu giới thiệu hoặc lấy ý kiến lại.
Đối với 13 chức danh còn lại chưa lấy phiếu giới thiệu tại Hội nghị Trung ương 2 và các chức danh có dự kiến thay đổi so với lần trước, Bộ Chính trị sẽ xin ý kiến Trung ương bằng phiếu trước khi chính thức giới thiệu để Quốc hội xem xét, bầu hoặc phê chuẩn tại Kỳ họp thứ nhất, Quốc hội khoá XIV.
