Cũng theo số liệu do KTNN, tổng nợ xấu toàn hệ thống các tổ chức tín dụng thời điểm 31/12/2014 là 145,2 nghìn tỷ đồng (tăng 28,7 nghìn tỷ đồng, tương ứng 24,6% so với cuối năm 2013), chiếm 3,25% tổng dư nợ.
Việc xử lý nợ xấu của các tổ chức tín dụng chủ yếu thông qua việc bán nợ cho VAMC, nhưng KTNN đánh giá xử lý nợ xấu của VAMC chưa hiệu quả. Năm 2014, VAMC chỉ xử lý được 28 khoản nợ, tương ứng 627 tỷ đồng, trong tổng số 96.455 tỷ đồng nợ xấu đã mua. Các tổ chức tín dụng phân loại nợ chưa phù hợp, trích lập thiếu dự phòng rủi ro tín dụng, cho vay không đúng quy định nên chưa thu hồi được nợ.
Riêng với VDB, cân đối giữa huy động và sử dụng vốn chưa phù hợp, dẫn đến tồn đọng vốn lớn, làm gia tăng cấp bù chênh lệch lãi suất từ ngân sách Nhà nước, chưa xây dựng hệ thống kiểm soát theo dõi, đánh giá về chất lượng tài sản có, quy định về quản lý thanh khoản, quản lý rủi ro theo quy định.
