Nhiều doanh nghiệp đã phản ánh hồ sơ bị chậm hoàn thuế, dù quy định là hoàn thuế trong vòng 40 ngày. Như có công ty đã nhận được quyết định hoàn thuế nhưng chờ mãi vẫn chưa nhận được với số tiền cơ quan thuế nợ công ty đến 21 tỷ đồng. Đơn vị này đã phản ánh nhiều lần trong các cuộc đối thoại với Cục Thuế TPHCM nhưng chỉ được giải thích là "ngân sách chưa rót vào quỹ hoàn thuế nên đang thâm hụt, mong doanh nghiệp thông cảm".
Trước bức xúc của doanh nghiệp, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn khẳng định không vì thiếu tiền mà không hoàn thuế, chậm hoàn thuế. Ông Tuấn khẳng định với các doanh nghiệp: "Số thuế cần hoàn không thể nào đến mức con số quỹ. Xem tài khoản một cái là biết ngay, có 900 tỉ đồng cơ mà. Tôi khẳng định không thiếu tiền".
Theo ông Tuấn, vướng mắc về hoàn thuế tại TPHCM được đánh giá ở mức nghiêm trọng nên bộ đã cử một đoàn công tác làm việc với TPHCM suốt một tuần qua, rà soát toàn bộ các hồ sơ hoàn thuế. Cả nước mỗi năm có khoảng 26.000 hồ sơ hoàn thuế thì riêng TPHCM đã chiếm 1/3.
Ông cũng cho biết sẽ chỉ đạo Cục Thuế TPHCM giải quyết đúng quy định, không để doanh nghiệp thuộc diện ưu tiên, hoàn thuế trước - kiểm tra sau mà bị chậm trễ trong việc hoàn thuế (quy định là 40 ngày từ ngày nhận hồ sơ).
Ông Tuấn cũng lưu ý các doanh nghiệp về việc phải hoàn thiện đủ hồ sơ hoàn thuế theo quy định như hồ sơ chứng từ thanh toán xuất khẩu, chứng từ vận tải, phải chờ kiểm tra mới được hoàn. Có doanh nghiệp thuộc diện rủi ro mà không đảm bảo hồ sơ chứng từ, như chứng từ thuê kho, thuê bãi, chưa tách được chi phí... cũng không đủ điều kiện hoàn.
