Cụ thể, dự án BOT hầm Đèo Ngang được xác định thu phí vượt qua thời gian gần 2 năm (tức là trạm BOT hầm Đèo Ngang chỉ được phép thu đến năm 2015). Đến năm 2015 dự án đã hết hạn thu phí tuy nhiên, đến tháng 12/2016 dự án này mới tạm dừng thu phí, số tiền dự án hầm Đèo Ngang thu vượt thời gian thu phí hoàn vốn là 88,37 tỷ đồng.
Sau đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã yêu cầu Tổng công ty Sông Đà nộp số tiền thu vượt vào ngân sách Nhà nước. Dù thu vượt ngân sách nhưng tính đến thời điểm tháng 3/2018, Tổng công ty Sông Đà vẫn chưa vẫn chưa chuyển số tiền trên vào Ngân sách Nhà nước theo yêu cầu của Tổng cục Đường bộ Việt Nam.
Lý do chưa chuyển số tiền thu thời gian hoàn vốn vào ngân sách được Tổng công ty Sông Đà cho rằng, các bên vẫn chưa thể thống nhất về các nội dung quyết toán hợp đồng BOT Dự án, nên giá trị thu vượt chưa đủ cơ sở pháp lý để xác định. Đồng thời, đề nghị của Tổng cục Đường bộ Việt Nam về việc nộp khoản tiền nêu trên tại thời điểm này là “chưa có cơ sở và chưa phù hợp với quy định hiện hành.
Theo tìm hiểu của VietnamFinance, Dự án BOT hầm Đèo Ngang là một trong những công trình BOT đầu tiên được thực hiện tại nước ta. Đây là dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Ngang - Quốc lộ 1, nối tỉnh Hà Tĩnh và tỉnh Quảng Bình được Bộ GTVT và Tổng công ty Sông Đà ký hợp đồng vào năm 2002, với tổng mức đầu tư là 150,021 tỷ đồng, quy mô 2 làn xe, thời gian hoàn vốn theo Hợp đồng BOT là 18 năm 5 tháng. Dự án đưa vào khai thác từ tháng 10/2004.
Theo hợp đồng BOT thì thời gian hoạt động của trạm thu phí Đèo Ngang là từ năm 2004 đến năm 2023 thì mới kết thúc. Đáng chú ý, tại hội nghị tổng kết năm 2016, Thanh tra Bộ GTVT đã bất ngờ công bố dự án xây dựng Hầm đường bộ qua Đèo Ngang theo hình thức hợp đồng BOT phải giảm thời gian thu phí 7 năm 10 tháng 4 ngày.
