Theo báo cáo, giai đoạn 2016 – 2020, công tác thực hiện đầu tư công dù đã đạt được nhiều thành tựu song vẫn còn khá nhiều điểm hạn chế, thiếu sót.
Cụ thể, công tác lập kế hoạch chưa được quan tâm; các nguyên tắc, tiêu chí phân bổ vốn kế hoạch đầu tư chưa được chấp hành nghiêm. Có tình trạng giao kế hoạch nhiều lần, có năm không giao được hết kế hoạch, trả lại vốn, thậm chí có một số Bộ đã đề nghị giảm kế hoạch đầu tư vốn nước ngoài ngay sau thời điểm kế hoạch vừa được giao.
Riêng đối với nguồn vốn ODA, việc xây dựng kế hoạch chưa bao quát được hết các hiệp định đã ký kết; chưa tổng hợp đầy đủ số dự án cần bố trí vốn; không cân đối được hợp lý giữa nhu cầu vay và khả năng trả nợ, làm cho nhiều dự án bị thiếu vốn, không thể giải ngân, do phát sinh các hiệp định ký kết sau khi nghị quyết về kế hoạch đầu tư công trung hạn đã được thông qua.
Việc giải phóng mặt bằng gặp nhiều khó khăn, mất thời gian đã làm chậm tiến độ của hầu hết các dự án. Nhiều dự án phải điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư do chi phí giải phóng mặt bằng tăng lên, gây khó khăn cho việc cân đối vốn và việc hoàn thành dự án đúng tiến độ.
Chất lượng chuẩn bị dự án chưa tốt, còn tình trạng phê duyệt dự án chưa bảo đảm đầy đủ các quy định hiện hành, nhất là quy định về nguồn vốn và khả năng cân đối vốn, phê duyệt dự án mang tính hình thức để ghi vốn. Khi dự án được quyết định và bố trí vốn mới thực sự tiến hành hoàn tất việc chuẩn bị đầu tư. Vì vậy, một số dự án quan trọng quốc gia, dự án cấp bách không giải ngân hết kế hoạch vốn được giao năm 2017, 2018 gây áp lực rất lớn trong cân đối ngân sách nhà nước giai đoạn 2021-2025
Tuy số lượng chương trình mục tiêu trong giai đoạn 2016-2020 giảm 2,9 lần so với giai đoạn 2011-2015 nhưng nhiều chương trình còn trùng lặp về nhiệm vụ dẫn đến số lượng dự án nhiều, không cân đối đủ nguồn để bố trí vốn cho các dự án. Đồng thời, việc phê duyệt quyết định đầu tư 21 Chương trình mục tiêu trong khi kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 đã được giao, dẫn tới nhiều dự án chuyển tiếp từ giai đoạn 2011-2015 đã được giao kế hoạch nhưng không phù hợp với đối tượng, phạm vi của Chương trình mục tiêu…
Đáng chú ý, trong cả giai đoạn, về cơ bản không có dự án mới trọng điểm nào được đẩy nhanh tiến độ, hoàn thành ngay trong nhiệm kỳ do thời điểm trình, phê duyệt, khởi công các dự án chủ yếu vào cuối kỳ kế hoạch. Ví dụ như dự án đường bộ cao tốc Bắc Nam phía Đông đến cuối năm 2017 mới được Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư; cuối năm 2018 mới được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt quyết định đầu tư, sau đó một số đoạn phải báo cáo Quốc hội cho phép chuyển đổi phương thức đầu tư từ PPP sang đầu tư công. Từ quý III/2019, dự án mới thi công một số dự án thành phần và đến nay các dự án thành phần đang tiếp tục triển khai, chưa hoàn thành.
Hay như dự án thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ, tái định cư cảng hàng không quốc tế Long Thành, dự án này được Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư vào cuối năm 2017 và Thủ tướng Chính phủ phê duyệt quyết định đầu tư cuối năm 2018.
14 dự án đường bộ, đường sắt của Bộ Giao thông Vận tải cũng mới được Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua tại Nghị quyết số 556/NQ-UBTVQH14 ngày 31/7/2018, đến năm 2019 mới hoàn thiện thủ tục đầu tư.
Về hợp tác công tư, định hướng “khai thác tối đa, sử dụng hiệu quả nguồn vốn của các thành phần kinh tế khác; không bố trí vốn đầu tư phát triển nguồn ngân sách nhà nước vào các lĩnh vực, dự án mà các thành phần kinh tế khác có thể đầu tư” chưa thực sự thành công.
Đối với lĩnh vực giao thông, giai đoạn 2016-2020, số lượng dự án PPP rất ít và chỉ lựa chọn nhà đầu tư cho các dự án BOT, BT. Các dự án BOT, BT đường bộ hầu hết là các dự án nâng cấp, cải tạo; hiệu quả kinh tế - xã hội và tính lan tỏa chưa cao.
Công tác chuẩn bị dự án, lựa chọn nhà đầu tư, thẩm định dự án và phương thức giám sát của cơ quan quản lý nhà nước chưa chặt chẽ, thiếu tính công khai, minh bạch; kinh nghiệm đầu tư, quản lý đầu tư, quản lý vận hành và năng lực tài chính, kỹ thuật của nhà đầu tư còn nhiều hạn chế.
Đối với các dự án PPP trong lĩnh vực năng lượng (nhiệt, thủy điện), phần lớn dự án đang trong giai đoạn hoàn thiện việc đàm phán hợp đồng, cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho các nhà đầu tư; chưa có dự án nào được thực hiện theo các quy định mới.
Bên cạnh đó, cơ chế thu hút đầu tư PPP còn chưa đáp ứng yêu cầu thực tiễn, một số dự án PPP về giao thông như đầu tư đường cao tốc Bắc - Nam phía Đông phải chuyển sang đầu tư bằng nguồn NSNN, làm tăng áp lực cân đối ngân sách.
Nhiều dự án hạ tầng thực hiện theo hình thức BT (hợp đồng xây dựng chuyển giao) bộc lộ một số tồn tại, hạn chế. Hầu hết các dự án BT được giao đất trước khi hoàn thành công trình, có đơn giá đất tại thời điểm giao đất thấp hơn nhiều so với đơn giá đất tại thời điểm bàn giao công trình. Điều này khiến việc thanh toán không bảo đảm nguyên tắc ngang giá, làm lợi cho nhà đầu tư và thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
Một số dự án đầu tư BT không trả được nợ đến hạn, phải gia hạn nợ, khoanh nợ, chuyển sang đầu tư vốn nhà nước hoặc sử dụng nguồn từ Quỹ tích lũy trả nợ.
Trong kỳ kế hoạch 2016 -2020, số dự án vi phạm trong quyết toán là 40.790 dự án (chiếm 11,6% dự án hoàn thành). Trong đó, vi phạm quy định về thời gian nộp báo cáo quyết toán có 29.331 dự án (chiếm 72% số dự án vi phạm); vi phạm quy định về thời gian thẩm tra, phê duyệt quyết toán có 11.459 dự án (chiếm 28% số dự án vi phạm) . Số dự án thực hiện báo cáo giám sát trên Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư công có xu hướng giảm…
