Theo Kiểm toán Nhà nước, tại nhiều dự án sử dụng nguồn vốn tập đoàn, tổng công ty có tình trạng xác định tổng mức đầu tư chưa đầy đủ cơ sở. Chẳng hạn như tại dự án nhà máy sản xuất phân đạm từ than cám công suất 1.760 tấn ure/ngày (560.000 tấn ure/năm), một số chi phí khác trong tổng mức đầu tư tính toán không đúng quy định làm tăng 69,6 tỷ đồng (chi phí khởi công, chi phí tổ chức hội nghị, chi phí giám sát, chi phí khảo sát địa chất…), không có căn cứ tính toán 1.153,8 tỷ đồng (chi phí thiết kế, chi phí thuê tư vấn nước ngoài, chi phí chuyên gia Trung Quốc…).
Hay như tại dự án nhà máy sản xuất Ethanol Bình Phước, Điện lực Bình Phước đã cam kết sẽ thực hiện đầu tư cấp nguồn điện 22kV đến hàng rào nhà máy khi hợp đồng cung cấp điện giữa Điện lực Bình Phước và Công ty TNHH nhiên liệu sinh học Phương Đông được ký. Đồng thời Công ty Cổ phần thủy điện Thác Mơ cũng đã cam kết sẽ đầu tư 100% vốn để cấp nước đảm bảo theo yêu cầu của nhà máy Ethanol Bình Phước. Tuy nhiên tổng mức đầu tư của dự án được chủ đầu tư phê duyệt vẫn bao gồm chi phí thực hiện các hạng mục này giá trị 4 tỷ đồng.
Đáng chú ý, một số dự án có tình trạng điều chỉnh tổng mức đầu tư với giá trị lớn. Cụ thể, dự án thủy điện Sông Bung 2 điều chỉnh tăng 2.867,3 tỷ đồng (từ 2.372,2 lên 5.239,5 tỷ đồng); dự án nhà máy thủy điện Bản Chát điều chỉnh tăng 7.334,6 tỷ đồng (từ 6.394,86 lên 13.832,99 tỷ đồng); dự án thủy điện Trung Sơn điều chỉnh tăng 1.324,7 tỷ đồng (từ 6.450,3 lên 7.775,1 tỷ đổng); dự án nhà máy nhiệt điện Thái Bình điều chỉnh tăng 13.623,6 tỷ đồng (từ 12.961 lên 26.584,6 tỷ đổng); dự án nhà máy sản xuất phân đạm từ than cám công suất 1.760 tấn ure/ngày (560.000 tấn ure/năm) điều chỉnh tăng 269,3 triệu USD (từ 397,7 triệu USD lên 667 triệu USD).
Một số dự án khác lại xảy ra tình trạng điều chỉnh không phù hợp làm tăng tổng mức đầu tư mà điển hình là dự án nhà máy sản xuất Ethanol Bình Phước. Tại dự án này, tổng mức đầu tư điều chỉnh tính toán trên cơ sở cập nhật lại tỷ giá USD cho tất cả các hạng mục (kể cả các hạng mục chi phí ngoài EPC được thanh toán bằng đồng nội tệ) chưa phù hợp quy định tại Điều 22 Pháp lệnh ngoại hối số 28/2005/PL-UBTVQH11 ngày 13/12/2005 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội làm tăng tổng mức đầu tư 22,3 tỷ đồng (tương đương 1.143.800 USD, tỷ giá 19.500 đồng/USD).
Ngoài ra, có dự án có tình trạng xác định quy mô đầu tư chưa phù hợp phải điều chỉnh, chẳng hạn như dự án sàng tuyển Khe Chàm (Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam) điều chỉnh 2 lần: lần 1 thay đổi công suất thành 7 triệu tấn/năm và lần 2 với mục tiêu nghiền toàn bộ than cục thành than cám (không tuyển) và phải điều chỉnh quy mô các công trình xây dựng), nguyên nhân chủ yếu do kết quả khảo sát địa chất chưa đầy đủ, chính xác dẫn đến tiến độ dự án kéo dài.
Cũng theo báo cáo của Kiểm toán Nhà nước, các tình trạng khác của nhóm dự án sử dụng nguồn vốn tập đoàn, tổng công ty gồm: thiết kế không tính toán kết cấu dẫn đến xảy ra sự cố, không phù hợp với quy hoạch, chưa đảm bảo công suất và hiệu quả của dự án; phê duyệt nội dung công nghệ chưa phù hợp; không lấy ý kiến thẩm định thiết kế cơ sở của Bộ Công Thương đối với dự án công nghiệp nhóm A; phương án tài chính, phương án trả nợ chưa được tổ chức cho vay thẩm định, chấp thuận cho vay trước khi quyết định đầu tư;
Các chỉ số trong phương án tài chính chưa đủ căn cứ xác định; không đảm bảo cơ cấu nguồn vốn được phê duyệt, không đúng cam kết; sử dụng vốn tự có không đúng mục đích, không đúng thẩm quyền; tiến độ góp vốn chậm , góp thiếu vốn điều lệ; nguồn vay thương mại lớn trong khi hệ số nợ trên vốn chủ sở hữu cao, ảnh hướng đến an toàn tài chính doanh nghiệp;
Không đối chiếu nợ gốc và lãi vay phải trả; dự toán lập không có cơ sở, áp dụng đơn giá vật liệu không đúng thông báo giá; xác định tỷ giá không phù hợp với bản chất giao dịch thanh toán chuyển khoản; chưa xem xét, làm rõ số liệu chi phí và trách nhiệm của các đơn vị liên quan; lựa chọn nhà thầu, ký kết hợp đồng EPC, phụ lục hợp đồng còn hạn chế, ký hợp đồng EPC cao hơn giá trần;
Ký hợp đồng không đúng thẩm quyền; thương thảo ký hợp đồng còn hạn chế có thể làm thất thoát chi phí đầu tư; một số hạng mục điều chỉnh so với thiết kế cơ sở nhưng không thương thảo lại giá hợp đồng cho các thay đổi; một số hạng mục các thiết bị chính thuộc phạm vi hợp đồng EPC có sự chênh lệch với chi phí được duyệt; lựa chọn nhà thầu chậm, chưa đúng quy định; tính toán và kê khai thuế chưa đầy đủ;
Một số dự án phải dừng, giãn tiến độ; có dấu hiệu vi phạm quy định về quản lý hợp đồng, quản lý chất lượng công trình; dự án đã hoàn thành nhưng chưa đủ điều kiện bàn giao cho chủ đầu tư; chậm phê duyệt quyết toán vốn đầu tư, đưa vào giá trị quyết toán một số hạng mục thi công không phù hợp với thiết kế, chưa được thi công, nghiệm thu;
Phê duyệt giá trị thực hiện vượt giá trị thẩm định; quản lý hồ sơ còn nhiều hạn chế; quản lý chất thải nguy hại còn lỏng lẻo, quá trình hoạt động gây ô nhiễm môi trường, chưa có giấy phép xả thải vào nguồn nước; một số dự án hoạt động không đảm bảo hiệu quả, phải dừng hoạt động; việc triển khai thực hiện một số cơ chế đặc thù còn chưa phù hợp với quy định; đề xuất phương án hỗ trợ tài chính không phù hợp quy định...
