Tại dự án này, Bộ Giao thông vận tải đã lập, thẩm định, phê duyệt điều chỉnh Dự án, điều chỉnh tổng mức đầu tư từ 8.770 tỷ đồng lên hơn 18.000 tỷ đồng khi chưa báo cáo Thủ tướng Chính phủ để xem xét và chỉ đạo xin chủ trương của Quốc hội về việc điều chỉnh dự án đầu tư.
Liên quan đến kết quả kiểm toán chuyên đề các dự án sử dụng vốn ODA và vốn vay ưu đãi, KTNN cho biết, hầu hết các dự án sử dụng vốn ODA và vốn vay ưu đãi đều được các nhà tài trợ đánh giá hiệu quả sau khi hoàn thành dự án.
Tuy nhiên, qua kiểm toán các dự án cho thấy hiệu quả sử dụng chưa tương xứng với nguồn lực đầu tư, chất lượng công trình chưa cao, công nghệ chưa thực sự tiên tiến; các định mức, đơn giá vật tư đặc thù quá cao, tổng mức đầu tư thay đổi nhiều lần, giải ngân chậm.
Theo đó, nhiều dự án điều chỉnh quy mô, giá trị điều chỉnh lớn so với phê duyệt lần đầu.Trong đó, Bộ Giao thông vận tải có 27/42 dự án điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư 122.352 tỷ đồng và 97,27 triệu USD.
Dự án Nâng cao an toàn cầu đường sắt trên tuyến Hà Nội - TP. Hồ Chí Minh điều chỉnh 3 lần, tăng 6.812 tỷ đồng (tương đương 275,61%) so với tổng mức đầu tư ban đầu, lần 1 tăng 753 tỷ đồng (tương đương 43,8%), lần 2 tăng 1.319 tỷ đồng (tương đương 53,38%) so với lần 1, lần 3 tăng 5.493 tỷ đồng (tương đương 144,9%) so với lần 2.
Dự án Xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 TP. Hồ Chí Minh, tuyến Bến Thành - Suối Tiên điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư 29.937,6 tỷ đồng (tương đương 172,2%)...
Bên cạnh đó, còn có tình trạng điều chỉnh dự án không đúng thẩm quyền tại dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 TP. Hồ Chí Minh, tuyến Bến Thành - Suối Tiên. UBND TP. HCM điều chỉnh dự án chưa đúng giá trị, chưa tuân thủ trình tự thủ tục và chưa đúng thẩm quyền; Ban Quản lý đường sắt đô thị phê duyệt điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư và quy mô của dự án quan trọng quốc gia.
Việc đàm phán, ký kết hiệp định vay vốn gặp những ràng buộc bất lợi dẫn đến phải chỉ định thầu cho nhà thầu nước ngoài như Dự án Cát Linh - Hà Đông phải chỉ định thầu cho nhà thầu Trung Quốc 13.751 tỷ đồng, chiếm 77% tổng mức đầu tư; sử dụng hàng hóa, dịch vụ có nguồn gốc từ bên cho vay như Dự án Xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 TP. HCM, tuyến Bến Thành - Suối Tiên sử dụng hàng hoá, dịch vụ có nguồn gốc từ Nhật Bản từ 30% trở lên, nhà thầu chính phải là nhà thầu Nhật Bản.
Ngoài ra, vẫn còn tình trạng sử dụng tư vấn quốc tế với chi phí cao. Điển hình như dự án đầu tư tuyến đường nối đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng và đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình sử dụng tư vấn quốc tế với chi phí gấp 8,5 lần tư vấn trong nước; dự án đầu tư xây dựng cầu Vĩnh Thịnh trên Quốc lộ 2C gấp 7,8 lần; dự án Vramp gấp 7 lần; dự án cải thiện môi trường nước TP. HCM, lưu vực kênh Tàu Hũ - Bến Nghé - Đôi - Tẻ, giai đoạn 2 gấp 10 lần; dự án đầu tư xây dựng tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi gấp 11 lần...
Qua kiểm toán 9 chương trình, 23 dự án, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính 21.725 tỷ đồng (thu hồi nộp ngân sách nhà nước 293 tỷ đồng; giảm thanh toán 1.048 tỷ đồng; xử lý khác 20.383 tỷ đồng).
