Kết quả kiểm toán 29 dự án BT tại các địa phương của Kiểm toán Nhà nước đã cho thấy một bức tranh không mấy sáng sủa.
Cụ thể, hầu hết các dự án BT đều chỉ định nhà đầu tư; có tình trạng dự án chỉ định nhà đầu tư sau khi dự án được triển khai thi công (dự án cải tạo nâng cấp TL 277).
Nhiều dự án BT được hình thành do nhà đầu tư đề xuất và đưa vào danh mục đầu tư, ví dụ tại tỉnh Bắc Ninh, 72/83 dự án do nhà đầu tư đề xuất.
Một số dự án BT khác lại hình thành từ việc chuyển đổi hình thức đầu tư dự án từ sử dụng vốn ngân sách nhà nước sang đầu tư theo hình thức đối tác công tư (ví dụ dự án xây dựng đường kết nối với cầu Phú Mỹ).
Đáng chú ý, một số dự án BT do nhà đầu tư đề xuất không lấy ý kiến các bộ, ngành theo quy định (điển hình là dự án công viên hồ điều hòa Văn Miếu và dự án đầu tư xây dựng nhà máy nước mặt thành phố Bắc Ninh).
Số khác không thực hiện xây dựng và công bố danh mục dự án (dự án xây dựng đường D3 kết nối vào cảng Sài Gòn - Hiệp Phước); lựa chọn nhà đầu tư hạn chế năng lực tài chính nên phải thay đổi từ hình thức thanh toán bằng đất sang bằng tiền (dự án xây dựng đường kết nối với cầu Phú Mỹ).
Theo Kiểm toán Nhà nước, nhiều dự án BT xác định tổng mức đầu tư ban đầu không chính xác. Chẳng hạn như dự án xây dựng tuyến đường từ đê Ngọc Thụy đến khu đô thị mới Thượng Thanh, quận Long Biên giảm dự toán 69,2 tỷ đồng, chi phí đền bù giải phóng mặt bằng giảm 754,3 tỷ đồng;
Hay như dự án xây dựng đường 2,5 đoạn Đầm Hồng - QL1A giảm 251,4 tỷ đồng; dự án cải tạo và xây dựng hệ thống cống nối thông hồ Vục, hồ Đầu Băng và hồ Tư Đình, quận Long Biên giảm 26 tỷ đồng, chi phí đền bù giải phóng mặt bằng giảm 59,8 tỷ đồng.
Nhiều dự án có sai sót trong phê duyệt. Cụ thể: phê duyệt dự án sau khi triển khai thi công và chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường (dự án công viên hồ điều hòa Văn Miếu ở Bắc Ninh); phê duyệt điều chỉnh một số nội dung không đúng quy định và còn sai sót (dự án xây dựng đường kết nối với cầu Phú Mỹ, tổng mức đầu tư điều chỉnh tăng chưa đúng 226,9 tỷ đồng); phê duyệt diện tích và giá đất tạm tính vượt giá trị dự án BT (tại Thanh Hóa, phê duyệt diện tích và giá đất tạm tính vượt giá trị dự án BT 875,5 tỷ đồng).
Bên cạnh đó là tình trạng phê duyệt điều chỉnh dự án mà chưa xác định rõ nguồn vốn hợp pháp khác (dự án nâng cấp tuyến đường bộ nối 2 tỉnh Phú Yên và Gia Lai, đoạn trên địa bàn tỉnh Phú Yên); ký hợp đồng BT sau khi nhà đầu tư đã thực hiện thi công và ký kết phụ lục hợp đồng bổ sung chi phí lãi vay từ thời điểm phê duyệt quyết toán dự án BT đến thời điểm được giao đất dự án đối ứng không phù hợp quy định (dự án cải tạo nâng cấp TL277 và HTKT khu Đồng Bèo ở Bắc Ninh).
Ngoài ra, một số dự án không đảm bảo nguyên tắc ngang giá, điển hình như dự án hệ thống tuyến đường nhánh - giai đoạn 2 khu du lịch bắc bán đảo Cam Ranh, tỉnh dự kiến giao quỹ đất thanh toán có giá trị 1.100 tỷ đồng để thanh toán cho hợp đồng BT chỉ 312 tỷ đồng.
Một tình trạng nhức nhối khác là các ô đất đã sử dụng đầu tư dự án nhà ở thương mại phục vụ tái định cư nhưng khi ký hợp đồng BT vẫn được dự kiến để thanh toán cho nhà đầu tư thực hiện dự án đối ứng. Đây là điều xảy ra tại dự án xây dựng tuyến đường Minh Khai - Vĩnh Tuy - Yên Duyên đoạn nối từ đường Minh Khai đến đường vành đai 2,5, TP. Hà Nội.
Nghiêm trọng hơn, một số địa phương như Thanh Hóa, Vĩnh Phúc, Hưng Yên còn giao đất cho nhà đầu tư thanh toán dự án BT khi đã có văn bản tạm dừng của Bộ Tài chính; giao đất thanh toán cho dự án BT chưa phù hợp quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất; giao đất trước khi dự án BT hoàn thành không đúng quy định và giao đất cho nhà đầu tư thực hiện dự án đối ứng không qua đấu giá theo quy định của Luật Đất đai 2013.
Việc xác định đơn giá đất cũng chưa phù hợp tại một số dự án. Chẳng hạn tại Khánh Hòa, xác định đơn giá đất ở 623.777 đồng/m2, đất thương mại dịch vụ thuê 50 năm giá 173.481 đồng/m2 tại dự án dự án hệ thống thoát mước mưa - giai đoạn 2 khu du lịch bắc bán đảo Cam Ranh và đơn giá 459.000 đồng/m2 tại dự án dự án hệ thống tuyến đường nhánh - giai đoạn 2 khu du lịch bắc bán đảo Cam Ranh để tính toán quỹ đất hoàn vốn cho nhà đầu tư nhỏ hơn rất nhiều so với đơn giá tạm tính quỹ đất hoàn vốn 2.000.000 đồng/m2 của dự án này theo đơn giá đất kinh doanh phi nông nghiệp (bảng giá đất năm 2011 của tỉnh Khánh Hòa) tại Quyết định 3468/QĐ-UBND của UBND tỉnh Khánh Hòa và chưa phù hợp đơn giá vị trí khu đất được quy hoạch đất dịch vụ du lịch, đất biệt thự nghỉ dưỡng, đất khu trung tâm sử dụng hỗn hợp và nhà nước đã đầu tư cơ sở hạ tầng.
Việc xác định giá đất để giao cho nhà đầu tư tại một số dự án cũng còn tồn tại, bất cập. Ví dụ các tỉnh thành Bắc Ninh, Thanh Hóa, Hà Nội áp dụng phương pháp tài sản so sánh khi thẩm định giá là tài sản chưa giao dịch thành công mà chỉ là rao bán trên thị trường, tài sản so sánh chưa đảm bảo tính tương đương với tài sản định giá, một số chỉ tiêu so sánh tỷ lệ điều chỉnh còn chưa phù hợp, thời điểm xác định giá đất của dự án đối ứng chưa phù hợp so với thời điểm quyết định giao đất...
