Ngày 27/10, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh khám xét, ra lệnh bắt tạm giam 6 bị can, gồm: Dương Tuấn Minh, nguyên Tổng giám đốc; Dương Thị Trâm Anh, nguyên Phó tổng giám đốc;Nguyễn Thu Trang, nguyên phó phòng Đầu tư và quản lý đấu thầu Tổng công ty Cửu Long và Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng, Đinh Thị Chung cùng là nhân viên Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh.
Các bị can Dương Tuấn Minh, Dương Thị Trâm Anh và Nguyễn Thu Trang bị khởi tố về tội "vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", các bị can Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng, Đinh Thị Chung bị khởi tố về tội "vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo Bộ luật Hình sự 2015.
Cơ quan điều tra cũng khởi tố 3 bị can, gồm: Đinh Ngọc Hệ ("Út trọc"), nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Tổng giám đốc Công ty Thái Sơn; Phạm Văn Diệt, Giám đốc điều hành và Vũ Thị Hoan, Tổng giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh về tội "vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo Bộ luật Hình sự 2015. Hiện 3 bị can này đang bị tạm giam trong vụ án khác.
Các bị can này bị khởi tố trong quá trình Bộ Công an điều tra vụ án "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP. HCM - Trung Lương.
Trước đó, ngày 26/12/2018, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã bắt giam 5 cán bộ tại Công ty Cổ phần tập đoàn Yên Khánh với cáo buộc sử dụng phần mềm điện tử để giấu tiền thu phí tuyến cao tốc TP. HCM - Trung Lương, trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách, bao gồm: Ngô Bá Thắng (Giám đốc chi nhánh Long An); Trần Văn Miền (Phó giám đốc kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm); Tô Phước Hùng (kế toán trưởng); Nguyễn Thị Kim Huệ (kế toán) và Nguyễn Văn Hiền (Giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi).
Cơ quan điều tra xác định, ông Đinh Ngọc Hệ làm chủ Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh nhưng doanh nghiệp này không có vốn, không có cơ cấu tổ chức, nhân lực...; lập ra chỉ để ký hợp đồng liên doanh phục vụ cho mục đích cá nhân, kiếm lời.
Tháng 11/2018, ông Hệ bị TAND quân sự trung ương tuyên 12 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và Sử dụng giấy tờ giả của cơ quan tổ chức.
Hồi đầu năm 2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra (C01, Bộ Công an) mở rộng điều tra các sai phạm tại Công ty Cổ phần phát triển đầu tư Thái Sơn - Bộ Quốc phòng (ông Hệ làm Chủ tịch HĐQT), đã khởi tố ông Hệ về hành vi Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi, theo Điều 358 BLHS 2015.
