Theo quyết định, khu kinh tế Vân Phong có diện tích 150.000ha, trong đó diện tích phần mặt nước khoảng 80.000ha, phần đất liền và đảo khoảng 70.000ha thuộc 2 huyện: Vạn Ninh và Ninh Hoà.
Mục tiêu của quy hoạch nhằm xây dựng khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế năng động phát triển ngành nghề mới, trình độ cao, trở thành vùng động lực phát triển, đô thị thông minh, bền vững, bản sắc và kết nối quốc tế; là trung tâm dịch vụ, du lịch biển quốc tế; là một cực tăng trưởng, trung tâm của khu vực duyên hải Nam Trung Bộ, Tây Nguyên về kinh tế biển, công nghiệp công nghệ cao, khoa học và công nghệ, đổi mới sáng tạo, đào tạo nguồn nhân lực và chăm sóc sức khoẻ chất lượng cao.
Cùng với đó, xây dựng khu kinh tế Vân Phong theo mô hình phát triển thân thiện môi trường, khai thác hiệu quả tiềm năng khác biệt, cơ hội nổi trội, thu hút mạnh các nguồn lực đầu tư, tích cực thu hút và quy tụ nguồn lực sáng tạo, phương thức quản lý mới, tiên tiến; nuôi dưỡng động lực mới cho phát triển.
Khu kinh tế Vân Phong là khu kinh tế tổng hợp đa ngành, đa lĩnh vực có vai trò đầu tàu thu hút đầu tư và là động lực phát triển kinh tế cho các vùng lân cận và cho cả nước. Trong đó kinh tế biển là nền tảng có cảng trung chuyển container quốc tế và dịch vụ logistic, đô thị, dịch vụ, du lịch, công nghiệp giữ vai trò quan trọng, kết hợp phát triển các ngành kinh tế khác.
Đến năm 2050, đưa Khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế năng động, thông minh, bền vững, bản sắc, có sự gắn kết giữa phát triển kinh tế - xã hội với bảo đảm quốc phòng, an ninh; là khu vực đáng sống, nơi nhân dân có mức sống cao và hạnh phúc; là một khu kinh tế có tính cạnh tranh cao.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu trên cơ sở rà soát, kế thừa các yếu tố hợp lý của đồ án điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Vân Phong đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 380/QĐ-TTg ngày 17/3/2014; phân tích đánh giá các định hướng chiến lược của quốc gia và tỉnh Khánh Hòa đối với khu vực Vân Phong nhằm khai thác phát triển tối ưu các quỹ đất, tiềm năng phát triển từng khu vực; đề xuất các khu chức năng, hạ tầng xã hội và hạ tầng kỹ thuật hợp lý cho khu kinh tế.
Nội dung nghiên cứu thực hiện theo quy định tại Luật Xây dựng số 50/2014/QH13 ngày 18/6/2014, Nghị định số 44/2015/NĐ-CP ngày 6/5/2015 của Chính phủ quy định chi tiết một số nội dung về Quy hoạch xây dựng và làm rõ một số nội dung sau: Đánh giá điều kiện tự nhiên và hiện trạng; phân tích, đánh giá vai trò, vị thế, tiềm năng và động lực phát triển; đề xuất mô hình phát triển và chiến lược phát triển; định hướng phát triển không gian khu kinh tế Vân Phong.
Trong đó, về định hướng phát triển không gian, trên cơ sở địa hình cảnh quan, khả năng kết nối hạ tầng kết hợp các yếu tố đặc thù, nghiên cứu, đề xuất điều chỉnh cấu trúc phát triển không gian và cơ cấuphân khu chức năng cho khu kinh tế trên nguyên tắc hài hoà về không gian, hợp lý linh hoạt trong liên kết chia sẻ chức năng và có thể kiểm soát dễ dàng, xác định các khu vực phát triển như các khu vực trung tâm bán đảo Hòn Gốm gắn với cảng trung chuyển quốc tế, khu dịch vụ và công nghiệp logistic, cảng du lịch…
Bên cạnh đó là các khu vực trung tâm công nghiệp Vạn Thắng, Ninh Thuỷ, Vạn Lương…các khu công nghiệp nhiệt điện và các cơ sở công nghiệp gắn với cảng nước sâu chuyên dùng tại Ninh Phước.
Ngoài ra còn các khu vực dịch vụ du lịch và đo thị du lịch sinh thái biển, bao gồm: các khu du lịch tại phía nam bán đảo Hòn Gốm và đảo Hòn Lớn; khu du lịch đảo Điệp Sơn, khu đô thị du lịch tại khu vực Tuần Lễ - Hòn Ngang - Mũi Đá Son…
Đặc biệt, khu kinh tế Vân Phong cũng được định hướng phát triển các khu đô thị đa chức năng như khu vực Vĩnh Yên, khu vực Nam Tu Bông đến đèo Cổ Mã, khu vực Đại lãnh, khu vực thị trấn Vạn Giã và vùng phụ cận. khu vực trung tâm thị xã Ninh Hoà, khu vực Dốc Lết và vùng phụ cận…
