Theo kết luận thanh tra, một số công ty thành viên của Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam chưa thực hiện phù hợp qui định trong góp vốn thực hiện dự án, việc nhập thuốc lá nguyên liệu, trồng, chế biến nguyên liệu thuốc lá, việc tổ chức đi nước ngoài có nhiều đối tượng không đúng mục đích…
Một số chi phí không phù hợp với hoạt động kinh doanh, phải loại khỏi chi phí khi xác định trị giá tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp bổ sung hơn 38,5 tỷ đồng.
Đáng chú ý, trong đầu tư xây dựng, Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam đã sai phạm trong việc thực hiện góp vốn dự án tại 152 Trần Phú, TP. HCM.
Khu đất 152 Trần Phú được coi là đất "vàng", có diện tích lớn, vị trí đẹp tại trung tâm quận 5. Khu đất trước là Nhà máy thuốc lá Sài Gòn thuộc Công ty TNHH MTV Thuốc lá Sài Gòn (100% vốn thuộc Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam Vinataba). Sau khi nhà máy rời đi thì khu đất được mang ra góp vốn thực hiện dự án thương mại.
Cụ thể, không thực hiện đánh giá lại tài sản là không đúng quy định về quản lý tài sản doanh nghiệp Nhà nước; làm trái chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, vi phạm pháp luật về chuyển nhượng tài sản doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ khi chuyển nhượng 30.927,7m2 tại 152 Trần Phú không xin phép Thủ tướng Chính phủ; không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất, có nguy cơ thất thoát tiền của Nhà nước, của doanh nghiệp.
Một số dự án đầu tư chậm tiến độ, thủ tục phải phê duyệt điều chỉnh nhiều lần, ảnh hưởng đến hiệu quả sử dụng vốn và hiệu quả sản xuất kinh doanh…
Kết luận thanh tra chỉ rõ, chịu trách nhiệm đối với những vi phạm, khuyết điểm trên thuộc về Hội đồng thành viên, Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc, Ban lãnh đạo Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Thuốc lá Sài Gòn, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Thuốc lá Thăng Long, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Thuốc lá Hải Phòng, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Viện Thuốc lá…
Từ kết quả thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Thuế kiểm tra việc kê khai, nộp thuế đối với các trường hợp thu mua nguyên liệu thuốc lá của các hộ nông dân được thực hiện bằng hình thức bảng kê để xác định giá tính thuế thu nhập doanh nghiệp phù hợp; xác định lại thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung.
Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp chủ trì cùng các bộ, ngành liên quan thu hồi cơ sở nhà đất 30.927,7m2 tại 152 Trần Phú, TP. HCM; xử lý các phát sinh trong quá trình thu hồi cơ sở nhà đất này.
Trong quá trình thực hiện, nếu phát hiện dấu hiệu tội phạm hoặc đến ngày 31/12/2023 chưa thực hiện được việc thu hồi thì chuyển cơ quan điều tra, Bộ Công an, để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an điều tra, xác minh, làm rõ những vụ việc mua bán nguyên liệu của doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung có dấu hiệu của tội trốn thuế.
