Thuế khấu trừ (withholding tax) là cơ chế khấu trừ mức thuế thu nhập phải nộp ngay khi người lao động nhận được séc thanh toán thu nhập. Nó được áp dụng lần đầu tiên ở Mỹ. cơ chế này phải thanh toán thuế thu nhập hàng quý, chứ không phải hàng năm. Khái niệm thuế khấu trừ hiện nay đã mở rộng snag lĩnh vực thanh toán hưu trí và các loại hình thu nhập các nhân khác.
(Tài liệu tham khảo: Nguyễn Văn Ngọc, Từ điển Kinh tế học, Đại học Kinh tế Quốc dân)
Người chủ khi trả lương cho người lao động trong doanh nghiệp của mình sẽ không trả toàn bộ số lương ghi trong hợp đồng lao động. Người này bị cơ quan thuế yêu cầu giữ lại một phần trong số lương đó để nộp cho cơ quan thuế. Phần này chính là thuế lương mà người lao động phải đóng vì có thu nhập là lương. Ở đây, thuế lương mang hình thức thuế khấu trừ tại nguồn.
Hoặc, nhà xuất bản khi trả nhuận bút cho người viết sẽ không trả toàn bộ số tiền ghi trong hợp đồng giữa hai bên. Nhà xuất bản sẽ giữ lại một phần để nộp cho cơ quan thuế. Đây chính là thuế nhuận bút mà người viết phải đóng vì có thu nhập là nhuận bút. Ở đây, thuế nhuận bút cũng mang hình thức thuế khấu trừ tại nguồn.
Còn có nhiều ví dụ khác về thuế thu nhập mang hình thức thuế khấu trừ tại nguồn, như thuế lãi tiết kiệm (tổ chức tín dụng sẽ tạm thu số tiền thuế mà người hưởng lãi phải đóng), hay như thuế thu nhập chứng khoán.
