Việc nhiều khu công nghiệp đang hoạt động nhưng chưa hoàn tất công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng, dẫn đến đất xây dựng xí nghiệp công nghiệp chưa hoàn chỉnh theo quy hoạch, đầu tư hạ tầng không đồng bộ, kéo dài thời gian triển khai dự án. Mặt khác, việc chưa hoàn tất giải phóng mặt bằng khiến chủ đầu tư hạ tầng các Khu công nghiệp không thể thực hiện các thủ tục pháp lý liên quan đến đất đai cả cho phần diện tích đã hoàn tất giải tỏa, nên chưa thể tiếp nhận các dự đầu tư vào khu vực đất này, gây lãng phí quỹ đất.
Các khu công nghiệp gặp cản trở có thể kể đến như: Khu công nghiệp Cơ khí ô tô Hòa Phú: 2,32 ha; Khu công nghiệp Đông Nam 1,56 ha; Khu công nghiệp Tân Phú Trung: 34,06 ha; một phần Khu công nghiệp Vĩnh Lộc: 0,68 ha; Khu công nghiệp Lê Minh Xuân 3: 11,74 ha; Khu công nghiệp Lê Minh Xuân: 6,91 ha; Khu công nghiệp Tân Tạo: 5,03 ha; một phần Khu công nghiệp Vinh Lộc: 8,99 ha; Khu công nghiệp Tân Bình 0,29 ha; Khu công nghiệp Cát Lái: 5,95 ha; Khu công nghiệp Hiệp Phước 40,42 ha…
Đáng chú ý trong đó có khu công nghiệp hoạt động hơn 20 năm đến nay vẫn chưa hoàn thành công tác bồi thường giải phóng mặt bằng. Cụ thể, tại huyện Bình Chánh còn 3 dự án, trong đó, khu công nghiệp Vĩnh Lộc do Công ty Cổ phần xuất nhập khẩu và đầu tư Chợ Lớn (Cholimex) đã thành lập từ năm 1997, nhưng đến nay vẫn còn gần 13 ha đất của 62 hộ dân chưa bồi thường xong.
Dự án đang gặp vướng mắc ở chỗ quyết định của UBND TP. HCM về việc di chuyển cư dân và quy định đền bù, trợ cấp thiệt hại cho các hộ dân thuộc dự án Khu công nghiệp Vĩnh Lộc hiện đã bị bãi bỏ theo quyết định 48/2009/QĐ-UBND. Do đó, Sở Tài nguyên Môi trường kiến nghị UBND thành phố sửa một phần quyết định 48 trên, khôi phục hiệu lực để tiếp tục thực hiện việc bồi thường cho dân, thu hồi đất để thực hiện phần còn lại của dự án.
Dự án khu công nghiệp Lê Minh Xuân 3 đang vướng phương án hệ số điều chỉnh giá đất để tính bồi thường, hỗ trợ tái định cư dự án đến nay chưa được Hội đồng Thẩm định giá đất TP. HCM phê duyệt.
Còn đối với dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh hạ tầng kỹ thuật khu công nghiệp Lê Minh Xuân do Công ty TNHH Một thành viên đầu tư kinh doanh nhà Khang Phúc chủ đầu tư còn 6,9 ha đất chưa bồi thường. Thời điểm năm 2011, 6,9 ha đất chưa bồi thường của dự án Khu công nghiệp Lê Minh Xuân có 142 hồ sơ, với giá bồi thường khoảng 70 tỷ đồng. Đến năm 2020 thì khu vực này đã bị xây dựng dày đặc với 535 căn nhà, dự kiến số tiền bồi thường khoảng 475 tỷ đồng (chưa tính chi phí tái định cư) tăng 405 tỷ đồng.
Tại huyện Củ Chi, khu Công nghiệp Đông Nam của Công ty Cổ phần đầu tư Sài Gòn VRG được phê duyệt từ năm 2008, thành lập từ năm 2010, nhưng đến nay còn 12 hộ dân (diện tích 1,56ha) không đồng ý bàn giao mặt bằng. Khu công nghiệp Tân Phú Trung của Công ty Cổ phần phát triển đô thị Sài Gòn Tây Bắc (SCD) còn tồn tại 33 trường hợp (diện tích 33,02ha).
Khu công nghiệp Cơ khí ô tô thành phố do Công ty Cổ phần Hoà Phú làm chủ đầu tư, dự án được chấp thuận đầu tư từ năm 2014, hiện dự án còn 7 hộ dân chưa đồng ý nhận tiền bồi thường, chưa bàn giao mặt bằng và 13 ngôi mộ chưa di dời (khoảng 2,289ha đất) do không đồng ý đơn giá bồi thường.
Trên địa bàn quận Bình Tân, Khu công nghiệp Tân Tạo do Công ty Tân Tạo làm chủ đầu tư, hiện còn 7 hộ dân (khoảng 1,59ha đất) chưa bồi thường, giải phóng mặt bằng. Còn Khu công nghiệp Tân Tạo mở rộng còn 17 hộ dân (diện tích 3,44ha) chưa bồi thường, giải phóng mặt bằng. Theo báo cáo từ năm 2015 đến nay chủ đầu tư không hợp tác với UBND quận Bình Tân để thực hiện công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng.
Tại quận Tân Phú có khu công nghiệp Tân Bình do Công ty Cổ phần sản xuất kinh doanh xuất nhập khẩu dịch vụ và đầu tư Tân Bình (Tamimex) làm chủ đầu tư. Dự án còn 0,29ha chưa bồi thường, giải phóng mặt bằng, phần diện tích này đang bị tranh chấp, đến nay gần 20 năm vẫn chưa thực hiện được công tác thu hồi đất.
Đối với khu công nghiệp Cát Lát (TP. Thủ Đức) do Công ty TNHH Một thành viên dịch vụ công ích quận 2 làm chủ đầu tư, dự án này được chia làm 2 giai đoạn và có 2 phần mở rộng. Trong đó phần mở rộng 2 có khoảng 12,2 ha, hiện còn 5,57 ha chưa thoả thuận, bồi thường. Ngoài ra, dự án còn phần diện tích 3.750 m2 đất thuộc khoảng hở của 2 ranh giao đất (Khu công nghiệp và đường Võ Chí Công) chưa thực hiện bồi thường, thu hồi đất. Trên địa bàn huyện Nhà Bè có dự án xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng kỹ thuật Khu công nghiệp Hiệp Phước (giai đoạn 2) còn 40,42 ha chưa bồi thường.
