Trong tổng số 11 bên thủy có 6 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Bình An, Thảo Điền (quận 2), Tầm Vu, Thanh Đa (quận Bình Thạnh), Hiệp Bình Chánh, Linh Đông (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: cầu Chữ Y (quận 5), Bình Tây, Lò Gốm (quận 6), Bình Đông, chùa Long Hoa (quận 8).
Sở Giao thông Vận tải cho biết sẽ tiếp tục thống nhất vị trí, diện tích, pháp lý đối với 7 bến còn lại; trong đó có 2 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Sài Gòn Pearl (quận Bình Thạnh), Bến Trung tâm Bình Triệu (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: Nguyễn Thái Bình, Calmetter (quận 1), chợ Hòa Bình, Nguyễn Tri Phương (quận 5), Khánh Hội (quận 4).
UBND TP. HCM cũng chấp thuận chủ trương cho Sở Giao thông Vận tải đề xuất vị trí mới thay thế vị trí các bến không còn phù hợp, mở rộng diện tích các bến hiện hữu phù hợp quy hoạch chức năng bến bãi, phát triển thành các điểm dừng chân, dịch vụ đô thị, du lịch ven sông, bổ sung bến trung tâm của tuyến số 2 tại quận 4 để thay thế cho phần diện tích đã giảm của bến Nguyễn Tri Phương do ảnh hưởng bởi nhánh cầu dẫn Nguyễn Tri Phương.
Thành phố giao cho UBND các quận cần rà soát quy hoạch các bến thuộc địa bàn; lấy ý kiến của Sở Xây dựng đối với các bến có quy hoạch xây dựng hiện hữu là đất công viên, cây xanh; đề xuất điều chỉnh cục bộ quy hoạch xây dựng tỷ lệ 1/2000 các bến này để đảm bảo phù hợp quy hoạch xây dựng bến thủy nội địa.
Ngoài ra, UBND TP. HCM cũng giao Sở Tài nguyên và Môi trường rà soát nguồn gốc, cơ sở pháp lý và hiện trạng các khu đất dự kiến xây dựng các bến thủy nội địa; phân loại từng khu đất theo 2 trường hợp: giao đất, cho thuê đất theo Luật Đất đai hoặc sắp xếp, xử lý theo Nghị định 167/2017/NĐ-CP ngày 31/12/2017 của Chính phủ; báo cáo UBND TP. HCM trong tháng 11/2020.
Trước đó, năm 2019, Thanh tra Sở Giao thông vận tải TP. HCM đã phối hợp với Cảng vụ Đường thủy nội địa thành phố, Cảng vụ đường thủy nội địa Khu vực III tiến hành kiểm tra, rà soát các bến thủy nội địa đang hoạt động không phép tại TP. HCM. Kết quả kiểm tra cho thấy có 55 bến thủy nội địa hoạt động không phép, trong đó có 3 bến thuộc quản lý của Cảng vụ Đường thủy nội địa khu vực III, 52 bến thuộc quản lý của Cảng vụ Đường thủy nội địa thành phố.
Trong 3 bến thủy nội địa hoạt động không có giấy phép trên các tuyến sông, kênh, rạch do Cảng vụ Đường thủy nội địa khu vực III quản lý có bến thủy nội địa của Công ty TNHH Xây dựng thương mại địa ốc Lan Anh (phường Thạnh Lộc, quận 12) đã bị cơ quan chức năng đình chỉ theo quyết định số 3918/QĐ- SGTVT ngày 07/08/2017 sau sự cố sạt lở bờ bao sông Sài Gòn.
Trong 52 bến thủy nội địa hoạt động không phép trên các tuyến sông, kênh, rạch do Cảng vụ Đường thủy nội địa thành phố quản lý thì đứng đầu danh sách là quận 9 và huyện Bình Chánh mỗi quận huyện có 11 bến; huyện Cần Giờ 8 bến; huyện Nhà Bè 5 bến; huyện Củ Chi 4 bến; huyện Hóc Môn, quận 8 và quận Thủ Đức mỗi quận huyện có 3 bến; quận 7 và quận 12 mỗi quận có 2 bến.
Trong 11 bến thủy nội địa hoạt động không phép tại huyện Bình Chánh thì xã Tân Nhựt, xã Tân Kiên và thị trấn Tân Túc mỗi đơn vị có 3 bến hoạt động động không phép; xã Bình Hưng và Đa Phước mỗi xã có 1 bến. Trong đó có tới 4 bến nằm trong phạm vi hành lang bảo vệ cầu, công trình vượt sông.
Việc các bến thủy nội địa không phép hoạt động đã và đang gây nhiều bức xúc trong nhân dân, khi mà một số bến thủy nội địa lấn sông, lấn rạch… hoạt động gây ách tắc dòng chảy dẫn đến ngập úng. Hay có những bến thủy nội địa hoạt động vi phạm hành lang bảo vệ an toàn sông, ngòi, kênh, rạch…hành lang bảo vệ cầu, công trình vượt sông trên địa bàn thành phố.
