Cụ thể, báo cáo Kiểm toán Nhà nước xác định, Vicem Hoàng Mai tổ chức thăm dò khi chưa được Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp phép là chưa tuân thủ theo quy định tại khoản 3 điều 8 Luật Khoáng sản 2010.
Bên cạnh đó, Vicem Hoàng Mai cũng có tên trong các đơn vị chưa xử lý dứt điểm về việc báo cáo cơ quan quản lý để cho phép sử dụng và thực hiện nghĩa vụ tài chính có liên quan đến khai thác các loại khoáng sản thu hồi trong quá trình khai thác đá vôi sản xuất clinker.
Cụ thể, tại Kết luận thanh tra số 3375/KLTTr ngày 16/12/2019 của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam có ghi nhận tồn tại: Thu hồi, sử dụng đá dolomit trong quá trình khai thác đá vôi làm xi măng nhưng chưa được cơ quan quản lý có thẩm quyền cấp phép theo quy định. Theo đó, chưa nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đá vôi năm 2016 là 259.949 tấn, năm 2017 là 90.019 tấn.
Đoàn thanh tra đã xử phạt vi phạm hành chính và kiến nghị: Lập báo cáo tổng hợp về sản lượng đã khai thác và sử dụng thực tế hàng năm; tổng hợp số sách chứng từ và các tài liệu có liên quan đến hoạt động khai thác và sử dụng khoáng sản đi kèm (dolomit) từ khi khai thác đến nay; nộp về Tổng cục Địa chất và Khoáng sản để tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản. Công ty phải thực hiện nghĩa vụ nộp thêm tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đối với việc sử dụng khoảng sản đi kèm sau khi có thông báo của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền.
Ngày 25/02/2020, Vicem Hoàng Mai có văn bản 536?BC-XMHM gửi Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam trong đó nêu: Theo Hồ sơ đánh giá trữ lượng khoáng sản thì tổng trữ lượng đá vôi còn lại cấp 111 và cấp 122 là 49.420.000 tấn đã bao gồm đá dolomit, số liệu này được dùng để tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản theo Quyết định số 92/QĐ_BYNMT ngày 16/1/2015 của Bộ Tài nguyên và môi trường. Theo báo cáo của đơn vị, đến thời điểm kiểm toán công ty chưa nhận được phản hồi của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam.
Vì thế, Kiểm toán kiến nghị Vicem Hoàng Mai tiếp tục báo cáo, làm việc với của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam để xác định việc thu hồi, sử dụng đá dolomit đã được cơ quan có thẩm quyền cấp phép và tính tiền quyền khai thác khoáng sản hay chưa để từ đó xác định đúng, đủ nghĩa vụ theo quy định.
Bên cạnh đó, Kiểm toán Nhà nước cũng xác định Vicem Hoàng Mai Vicem vi phạm khi khai thác khoáng sản vượt công suất cho phép. Tại mỏ đá vôi Hoàng Mai B, năm 2019 khai thác vượt công suất 212.208 tấn tương ứng vượt 11.8%; năm 2020 vượt 82.860 tấn tương ứng 4,6%; năm 2021 vượt 153.740 tấn tương ứng 8,5%.
