Theo Bộ Tài chính, trong giai đoạn 2018 – 2030, đặc khu Vân Đồn cần khoảng 270.000 tỷ đồng tổng vốn đầu tư toàn xã hội. Trong đó, phần vốn trong nước chiếm 50%, vốn nước ngoài chiếm 50%; phân kỳ theo 2 giai đoạn, gồm: giai đoạn 2018 – 2022 cần khoảng 165.000 tỷ đồng và giai đoạn 2022 – 2030 cần khoảng 105.000 tỷ đồng.
Đối với đặc khu Bắc Vân Phong, trong giai đoạn 2019 – 2025, tổng mức đầu tư toàn xã hội được xác định vào khoảng 400.000 tỷ đồng.
Còn với Phú Quốc, tổng mức đầu tư được ước tính trên 40 tỷ USD, tương đương khoảng 900.000 tỷ đồng, trong giai đoạn từ 2016-2030. Trong đó, nguồn vốn trong nước chiếm khoảng 59%, nước ngoài khoảng 41%; phân kỳ theo 2 giai đoạn, gồm: giai đoạn 2016 – 2020 cần khoảng 460.000 tỷ đồng, giai đoạn 2021 – 2030 cần khoảng 440.000 tỷ đồng.
Tuy nhiên, với đặc khu Phú Quốc, Bộ Tài chính lưu ý đơn vị lập đề án chưa xác định cụ thể cơ cấu nguồn vốn: vốn từ ngân sách nhà nước, vốn tự có của các doanh nghiệp, vốn huy động…
Bộ Tài chính cho biết đối với đặc khu Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh đề nghị để lại 100% số thu ngân sách nội địa phát sinh trên địa bàn đến năm 2030. Đồng thời tỉnh đề nghị bổ sung có mục tiêu cho đặc khu trong thời gian 5 năm kể từ ngày thành lập, tương ứng 25% số thu nội địa của tỉnh Quảng Ninh đang điều tiết về ngân sách trung ương (khoảng 2.000 tỷ đồng/năm).
Tỉnh Quảng Ninh cũng đề nghị quy định ngân sách tỉnh bổ sung cho đặc khu tối thiểu 1.500 tỷ đồng/năm trong 5 năm kể từ ngày thành lập, nhằm xây dựng kết cấu hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội, công trình bảo vệ môi trường quan trọng của đặc khu và thực hiện các cơ chế, chính sách đặc thù.
Đối với các kiến nghị này, Bộ Tài chính cho rằng tỉnh Quảng Ninh chỉ nên để lại số tăng thu ngân sách nội địa so dự toán phát sinh trên địa bàn đặc khu trong 10 năm. Bộ cũng đề nghị các Bộ cần cân nhắc đối với đề xuất bổ sung có mục tiêu cho đặc khu trong 5 năm với lý do nhu cầu hỗ trợ từ ngân sách trung ương là rất lớn, vượt quá khả năng cân đối của ngân sách trung ương hàng năm.
Đối với đề nghị quy định ngân sách tỉnh bổ sung cho đặc khu tối thiểu 1.500 tỷ đồng/năm, Bộ Tài chính cho rằng không nên quy định chính sách này trong Nghị quyết của Quốc hội về thành lập đặc khu Vân Đồn. Nguyên nhân là vấn đề này thuộc thẩm quyền của HĐND cấp tỉnh theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.
Đối với đặc khu Bắc Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa có đề xuất để lại 100% thuế xuất nhập khẩu và toàn bộ số thu nội địa trên địa bàn Bắc Vân Phong đến năm 2030 để thực hiện chính sách đặc thù; ngân sách trung ương để lại 50% các khoản thu phân chia theo tỷ lệ % giữa ngân sách trung ương và ngân sách tỉnh Khánh Hòa để bổ sung cho đặc khu.
Đánh giá các kiến nghị này, Bộ Tài chính cho rằng với cơ chế cho phép đặc khu được để lại toàn bộ số tăng nội địa 10 năm phát sinh trên địa bàn thì toàn bộ số thu ngân sách nhà nước tăng thêm, ngoài tính phân cấp theo cơ chế hiện hành, đặc khu còn được cấp lại tương đương 100% số tăng thu nội địa. Vì vậy đề xuất để lại 50% thu điều tiết toàn tỉnh Khánh Hòa cho đặc khu Bắc Vân Phong là không phù hợp.
Hiện nay, số thu nội địa của đặc khu là thấp (khoảng 130 tỷ đồng), tuy nhiên nếu thu hút đầu tư vào địa bàn thì số thu sẽ tăng đột biến, kể từ khi bắt đầu xây dựng, đầu tư chiều sâu (thuế nhà thầu). Do đó không thể lấy số tăng thu hiện nay để tính toán, xác định nguồn lực đầu tư đặc khu trong tương lai.
Về số thu xuất nhập khẩu, theo cơ chế ưu đãi, hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản máy móc thiết bị đã được miễn thuế nhập khẩu. Đây là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100%. Mặt khác, khoản thu thuế xuất nhập khẩu phát sinh trên địa bàn không phản ánh kết quả sản xuất kinh doanh của đơn vị, vì địa bàn nộp thuế do doanh nghiệp quyết định. Vì vậy đề nghị không đặt vấn đề để lại khoản thu thuế xuất nhập khẩu.
Đối với đặc khu Phú Quốc, Bộ Tài chính cho hay ngoài các nhóm chính sách chung, tỉnh Kiên Giang còn đề nghị cơ chế, chính sách đặc thù riêng như để lại số thu nội địa, tiền lương cơ sở, về thế chấp quyền sử dụng đất, chính sách khuyến khích thu hút đầu tư, về kinh doanh trò chơi có thưởng.
Cho ý kiến về các đề xuất này, Bộ Tài chính cho rằng các đề nghị như: để lại 50% nguồn thu nội địa trên địa bàn; cho phép cán bộ công chức trong đặc khu Phú Quốc được hưởng mức lương cơ sở cao gấp 2 lần mức lương cơ sở hiện hành; cho phép nhà đầu tư được thế chấp quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất tại các tổ chức tín dụng nước ngoài… cần "thực hiện theo dự thảo Luật".
Bộ cũng bác bỏ đề xuất của tỉnh Kiên Giang về việc thành lập quỹ xúc tiến đầu tư, thương mại du lịch với ngồn thu hàng năm từ ngân sách, nguồn hỗ trợ, đóng góp của doanh nghiệp.
Ngoài ra, Bộ cũng đề nghị bỏ đề xuất của tỉnh về dự án khu du lịch sinh thái cao cấp có tổng mức đầu tư trên 300 triệu USD được phép kinh doanh hoạt động vui chơi có thưởng với lý do đây là ngành nghề nhạy cảm, không khuyến khích phát triển.
