Theo Kiểm toán Nhà nước, năm 2015, khu đất 2 – 4 – 6 Hai Bà Trưng, quận 1 được UBND TP. HCM giao cho Công ty Cổ phần Đầu tư Sabeco Pearl (do Công ty mẹ Sabeco nắm 26% vốn điều lệ) để đầu tư dự án bất động sản.
Tuy nhiên, đến tháng 4/2016, Bộ Công Thương đã có chủ trương cho Công ty mẹ thoái vốn khỏi Sabeco Pearl. Do đó tháng 6/2016, Công ty mẹ đã tiến hành việc thoái vốn theo hình thức tổ chức đấu giá bán toàn bộ số cổ phần đang nắm giữ cho các cổ đông sáng lập khác.
Để xác định giá khởi điểm, Công ty mẹ đã thuê 3 doanh nghiệp thực hiện thẩm định giá trị doanh nghiệp.
Trên cơ sở thẩm định giá của Công ty TNHH Cushman&Wakefield, là đơn vị đưa ra giá trị doanh nghiệp cao nhất, Công ty mẹ xác định giá khởi điểm là 13.247 đồng/cổ phần. Qua đấu giá, giá trúng thầu cao nhất được xác lập là 13.347 đồng/cổ phần, đơn vị trúng đấu giá mua lại toàn bộ cổ phần là Công ty Cổ phần Attland (thành viên sáng lập).
Qua kiểm tra, Kiểm toán Nhà nước nhận định: Công ty TNHH Cushman&Wakefield xác định giá trị doanh nghiệp trên cơ sở kết quả thẩm định theo phương pháp so sánh và phương pháp thặng dư.
Tuy nhiên, trong phương pháp so sánh, việc điều chỉnh các yếu tố khác biệt không trên cơ sở chứng cứ thị trường là không đúng hướng dẫn của Tiêu chuẩn thẩm định giá Việt Nam số 08 "Cách tiếp cận từ thị trường" ban hành theo Thông tư 126/2015/TT-BTC ngày 20/8/2015.
Còn đối với phương pháp thặng dư, công ty Cushman&Wakefield đã sử dụng tỷ suất chiết khấu để quy dòng tiền trong tương lai về giá trị hiện tại là 13,69%, trong khi tại thời điểm năm 2016 trên địa bàn TP. HCM, tỷ suất chiết khấu do Hội đồng thẩm định giá đất thành phố và các đơn vị tư vấn thẩm định giá xác định cho các dự án bất động sản là 11%. Điều này làm giảm đáng kể giá trị doanh nghiệp, đồng nghĩa khiến mức giá khởi điểm đấu giá lô cổ phần của Công ty mẹ đưa ra không chính xác.
Về việc góp vốn tại Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại Tân Thành (nay là Công ty TNHH Đầu tư Thương mại Tân Thành), Kiểm toán Nhà nước cho biết Công ty mẹ đã góp vốn điều lệ 72,5 tỷ đồng (tương đương 29%). Giá trị còn lại của 2 khu đất 275,9 tỷ đồng được dùng để góp vốn đầu tư (29%). Trong khi đó, các cổ đông khác góp vốn điều lệ 177,5 tỷ đồng (71%) và góp vón đầu tư 675,6 tỷ đồng (71%).
Năm 2009, khi thực hiện góp vốn bằng giá trị khu đất, công ty mẹ đã góp đủ vốn điều lệ và vốn đầu tư. Tuy nhiên, các cổ đông khác chậm góp vốn điều lệ (đến 16/9/2014 mới góp thêm 145,9 tỷ đồng để đủ 175,5 tỷ đồng) và đến thời điểm kết thúc kiểm toán (2/12/2017) vẫn chưa góp vốn đầu tư 675,6 tỷ đồng.
Điều này, theo Kiểm toán Nhà nước, đã ảnh hưởng lớn đến quyền lợi của Công ty mẹ, bởi với việc chưa nộp đủ vốn điều lệ, vốn đầu tư, các cổ đông phải nộp tiền chậm góp vốn theo lãi suất tiền vay bình quân tính đến ngày 30/6/2014 là 884,2 tỷ đồng.
Tuy nhiên, điều đáng ngạc nhiên là Công ty mẹ lại "chưa có ý kiến" với đối tác về việc này.
Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước cho biết tổng giá trị các khoản đầu tư tài chính đến thời điểm 31/12/2016 của Công ty mẹ là 4.222 tỷ đồng và của các công ty con là 39 tỷ đồng.
Đến ngày 18/11/2016, Công ty mẹ đã hoàn thành việc tái cấu trúc các công ty thương mại khu vực, theo đó toàn bộ vốn góp của Công ty mẹ tại Công ty TNHH MTV Thương mại bia Sài Gòn (công ty con 100% vốn) tại 10 công ty cổ phần thương mại các khu vực được chuyển về Công ty mẹ với giá gốc theo Nghị quyết 12/NQ-HĐQT ngày 11/3/2016 và Nghị quyết 63/NQ-HĐQT ngày 20/10/2016 của Hội đồng quản trị.
Tuy nhiên, việc góp/thoái vốn của Công ty mẹ còn tồn tại nhiều vấn đề, vướng mắc, trong đó đáng chú ý là việc Công ty mẹ "đứng tên" giúp đơn vị khác góp vốn đầu tư. Cụ thể là việc góp vốn thành lập Công ty TNHH Sabeco HP để kinh doanh bất động sản.
Năm 2009, Công ty mẹ cùng với Công ty TNHH Thủy tinh Malaya Việt Nam, Công ty TNHH Đầu tư Thương mại Du lịch Hiệp Phúc ký hợp đồng hợp tác đầu tư để thực hiện dự án tại số 76 Tôn Thất Thuyết (quận 4, TP. HCM). Đây là khu đất do Công ty TNHH Thủy tinh Malaya Việt Nam (công ty liên kết của Công ty mẹ) thuê của Nhà nước và phải di dời nhà máy ra khỏi khu đô thị.
Tháng 7/2013, Công ty TNHH Thủy tinh Malaya Việt Nam có văn bản không tiếp tục tham gia đầu tư. Được sự chấp thuận của Bộ Công Thương về phương án đầu tư, tỷ lệ góp vốn tại Công văn số 422/BCT-CNN ngày 14/1/2016, Công ty mẹ đã hợp tác với Công ty TNHH Sabeco HP để đầu tư xây dựng khu thương mại – dịch vụ - căn hộ.
Theo thỏa thuận hợp đồng, Công ty mẹ góp 26% vốn điều lệ (79 tỷ đồng) gồm: 8% góp bằng giá trị lợi thế thương mại và 18% góp bằng tiền ứng vốn không tính lãi của Công ty TNHH Đầu tư Thương mại Du lịch Hiệp Phúc.
Với phần vốn góp này, Công ty mẹ nhận được sản phẩm của dự án tương ứng với 8% vốn điều lệ của pháp nhân mới nhưng không ít hơn 20 căn hộ 3 phòng ngủ diện tích từ 80 – 100m2 đã hoàn thiện. Theo thỏa thuận, sau đó Công ty mẹ sẽ thoái 18% vốn điều lệ cho Công ty Hiệp Phúc để cấn trừ công nợ do Công ty Hiệp Phúc đã ứng tiền góp hộ Sabeco.
Qua xem xét việc hợp tác, góp vốn đầu tư, Kiểm toán Nhà nước xác định, trên danh nghĩa Công ty mẹ góp 26% nhưng thực chất Công ty mẹ chỉ góp vốn và hưởng quyền lợi tương ứng với 8% vốn điều lệ. 18% vốn điều lệ còn lại do Công ty Hiệp Phúc góp và hưởng sản phẩm được chia. Như vậy Công ty mẹ chỉ là người đứng tên góp vốn thay cho Công ty Hiệp Phúc đối với 18% vốn tại Công ty TNHH Sabeco HP.
