Theo quy hoạch xây dựng vùng huyện Yên Khánh đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050, Ninh Bình dự kiến quy hoạch huyện Yên Khánh với diện tích 14.260ha.
Huyện Yên Khánh được xác định sẽ phát triển không gian theo 3 đô thị trung tâm và 4 trục hành lang phát triển. Về tổ chức không gian đô thị, 3 đô thị chính gồm: đô thị Yên Ninh, đô thị Khánh Thiện, đô thị Khánh Thành. Trong đó, Yên Ninh là trung tâm chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội của huyện.
Phân vùng quy hoạch sẽ gộp lại toàn huyện chỉ 3 phân vùng. Vùng thứ nhất là vùng đô thị công nghiệp gắn với sự phát triển của đô thị thành phố Ninh Bình; vùng thứ 2 là vùng trọng điểm về nông nghiệp sẽ gắn với phát triển nông nghiệp xanh, phát triển bền vững; vùng thứ 3 là vùng dịch vụ và đô thị.
Bên cạnh đó là nghiên cứu bổ sung trục cảnh quan sông Mới làm trục phát triển dịch vụ đô thị; trong định hướng quy hoạch huyện Yên Khánh cần giữ được không gian nằm ở phía Đông Bắc của huyện hướng ra sông Đáy, trục chính giao thông hướng ra sông Đáy; nghiên cứu phát triển đô thị tại các xã Khánh Hoà, Khánh Phú; định hướng tuyến đường sắt tốc độ cao phục vụ mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội vùng huyện, đồng thời khoanh vùng quy hoạch sân bay.
Trước đó vào năm 2022, Ninh Bình đã đề xuất bổ sung cảng hàng không dự kiến tại huyện Kim Sơn hoặc huyện Yên Khánh, quy mô cấp 4C, có thể đón các loại máy bay như A320, A321. Dự kiến, cảng hàng không sẽ đón 8-9 triệu lượt khách mỗi năm, trong đó khoảng 2,5 triệu khách quốc tế. Tỉnh Ninh Bình đề xuất tư nhân đầu tư theo hình thức PPP, nhà nước chỉ xây dựng kết cấu hạ tầng kết nối.
Bộ Giao thông Vận tải đã không đồng thuận quy hoạch cảng hàng không tại đây song ủng hộ phương án sân bay chuyên dùng. Sân bay chuyên dùng chỉ sử dụng cho máy bay, thủy phi cơ, trực thăng để phục vụ mục đích khai thác hàng không chung, hoặc vận chuyển hành khách, hàng hóa theo hình thức thuê chuyến, không phải vận chuyển công cộng.