Theo Thanh tra Chính phủ, trong giai đoạn 2005 – 2015, UBND tỉnh Lào Cai đã ban hành nhiều văn bản quy phạm nhằm cụ thể hóa các quy định của pháp luật để chỉ đạo, hướng dẫn việc quản lý, khai thác và chế biến khoáng sản.
Tuy nhiên đến thời điểm 2008 – 2011, tỉnh vẫn chưa ban hành các quy định cụ thể về nghĩa vụ tài chính đối với các chủ đầu tư dự án khai thác như văn bản quy định việc tính hệ số quy đổi khối lượng để tính phí bảo vệ môi trường đối với một số loại khoáng sản theo thông tư số 67/2008/TT – BTC ngày 21/7/2008 của Bộ Tài chính.
Về thuế tài nguyên, mãi đến năm 2014 tỉnh mới ban hành giá tính thuế đối với khoáng sản Apatit, còn một số loại khoáng sản khác do chậm ban hành nên khi tính thuế cơ quan chức năng chỉ tính giá dựa theo giá doanh nghiệp đã kê khai. Đây là những sơ hở dẫn đến thất thu ngân sách nhà nước.
Bên cạnh đó, việc thẩm định phê duyệt, quy hoạch quản lý, khai thác và chế biến khoáng sản của UBND tỉnh chủ yếu dựa vào tài liệu khảo sát địa chất cũ chứ chưa được đo đạc cụ thể dẫn đến không có tọa độ điểm mỏ, nên việc quản lý các hoạt động khoáng sản vẫn còn nhiều khó khăn.
Ngoài ra, trong số 95 dự án được Sở Xây dựng Lào Cai giới thiệu địa điểm, có 13 dự án khai thác khoáng sản và tận thu khoáng sản có tổng diện tích vượt so với quy hoạch là 135,81 ha vào các loại đất rừng sản xuất, đất nông nghiệp; 11 dự án nằm ngoài quy hoạch với diện tích 65,41 ha.
Không những vậy, trong công tác thẩm định dự án vẫn tồn tại nhiều hạn chế như chưa đánh giá đúng về năng lực tài chính, kinh nghiệm của chủ đầu tư, hiệu quả đầu tư dự án dẫn đến nhiều dự án sau khi khai thác bị chậm tiến độ hoạt động không hiệu quả, buộc phải chuyển nhượng, trong đó có thể kể đến dự án khai thác vàng gốc Minh Lương, dự án khai thác vàng tại mỏ vàng Sà Phìn và Tsuha huyện Văn Bàn…
Kết luận thanh tra cũng chỉ ra trong giai đoạn 2005 – 2008, Sở Công nghiệp (nay là Sở Công Thương) đã không thực hiện chức năng thẩm định thiết kế cơ sở đối với 21/32 dự án khai thác, chế biến khoáng sản.
Ngoài ra, có 7 dự án được cấp phép khai thác khoáng sản vượt quá quy hoạch với tổng diện tích 163,68ha đất vào đất rừng sản xuất, đất nông nghiệp; 5 dự án khai thác tận thu được cấp giấy phép vượt 60,96ha so với quy hoạch; 11 dự án được cấp phép khai thác nằm ngoài quy hoạch với diện tích 65,41ha.
Từ năm 2006 – 2015, UBND tỉnh đã cấp 17 giấy phép khai thác tận thu đối với những mỏ, điểm mỏ không thuộc diện được khai thác tận thu theo quy định của pháp luật.
Một số dự án khác được UBND tỉnh cho thuê đất hoạt động khoáng sản vượt diện tích đất quy hoạch, vi phạm các quy định của Luật Đất đai và Luật Khoáng sản năm 2010.
Đặc biệt trong công tác thu thuế từ hoạt động khai thác khoáng sản, giai đoạn 2008 – 2011, UBND tỉnh Lào Cai đã không ban hành quyết định quy định hệ số quy đổi khối lượng từ quặng thành phẩm hoặc quặng tuyển ra quặng nguyên khai để tính phí bảo vệ môi trường và Cục thuế tỉnh cũng không ra hướng dẫn để doanh nghiệp kê khai thuế đúng quy định, gây thất thoát ngân sách nhà nước.
"Kết quả kiểm tra trực tiếp đối với một số chủ đầu tư dự án khai thác khoáng sản, phát hiện có vi phạm về thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường và các khoản thu khác, với tổng số tiền 95,2 tỷ đồng", kết luận thanh tra cho biết.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, công tác quản lý, bảo vệ khoáng sản trên địa bàn tỉnh Lào Cai vẫn còn bộc lộ nhiều khuyết điểm, vi phạm ở hầu hết các khâu từ quy hoạch khoáng sản, cung cấp thông tin về quy hoạch, giới thiệu địa điểm dự án, thẩm định dự án và cấp giấy chứng nhận đầu tư… dẫn đến hiệu quả kinh tế trong hoạt động khai thác khoáng sản thời gian qua trên địa bàn tỉnh Lào Cai đạt kết quả thấp.
"Việc quản lý và khai thác khoáng sản thiếu chặt chẽ biểu hiện sự buông lỏng trong quản lý suốt thời gian dài. Trách nhiệm này thuộc về UBND tỉnh Lào Cai, Phó Chủ tịch UBND phụ trách, Giám đốc các Sở: Kế hoạch và Đầu tư, Tài nguyên và Môi trường, Công Thương, Xây dựng, Tài chính, Cục thuế tỉnh và các tổ chức, cá nhân có liên quan". Thanh tra Chính phủ kết luận.
Trước tình trạng sai phạm trên, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai khẩn trương rà soát, điều chỉnh quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất giai đoạn 2011 – 2020, đặc biệt đối với các loại đất hoạt động khoáng sản, tránh chồng lấn vào đất rừng phòng hộ, rừng đặc dụng, đảm bảo diện tích quy hoạch sử dụng đất đã được Chính phủ phê duyệt.
Đồng thời rà soát và xác định lại diện tích của 8 dự án vượt quy hoạch 135,81 ha, 5 dự án cấp giấy phép khai thác tận thu vượt diện tích 60,96 ha so với quy hoạch đất, 11 dự án cấp giấy phép khai thác khoáng sản không nằm trong diện quy hoạch.
Ngoài ra, yêu cầu UBND tỉnh Lào Cai điều chỉnh lại 93 giấy chứng nhận đầu tư, theo hướng ghi cụ thể các ưu đãi đầu tư mà nhà đầu tư được hưởng; có biện pháp xử lý đối với 3 dự án được chuyển nhượng chưa đúng; kiểm tra, rà soát, xác định đúng các khoản thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường, các loại thuế phí khác…
Thanh tra Chính phủ cũng đề nghị thu hồi về ngân sách nhà nước tổng số tiền sai phạm gần 83 tỷ đồng và làm rõ trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến những sai phạm trên.
