Theo cáo buộc của Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao, bị cáo Nguyễn Cao Trí đã thỏa thuận và nhiều lần nhận số tiền hơn 1.000 tỷ đồng của bà Trương Mỹ Lan cho 3 mục đích: Chuyển nhượng 31,22% vốn điều lệ Công ty Cổ phần cao su công nghiệp do bị cáo Trí sở hữu; Chuyển nhượng vốn điều lệ Công ty Cổ phần Sài Gòn Đại Ninh; Đầu tư dự án tại huyện Hải Hà, tỉnh Quảng Ninh.
Bà Trương Mỹ Lan nhờ Hồ Quốc Minh đứng tên hộ các cổ phần này, trị giá hơn 1.000 tỷ đồng.
Ngày 7/10/2022, bà Lan bị khởi tố, bắt tạm giam về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản (sau này đổi thành Tham ô tài sản).
Ngày 21 và 22/10/2022, ông Nguyễn Cao Trí đã chỉ đạo cấp dưới soạn thảo các văn bản thanh lý hợp đồng ủy thác đầu tư 31,22% vốn điều lệ công ty cao su công nghiệp, điều chỉnh giá và thanh lý hợp đồng chuyển nhượng 10% vốn điều lệ tại Công ty Văn Lang.
Ngày 23/10/2022, Nguyễn Cao Trí hẹn gặp Hồ Quốc Minh tại quán cà phê trong Sân bay Tân Sơn Nhất yêu cầu Minh ký hồ sơ thanh lý hợp đồng nêu trên nhằm chiếm đoạt số tiền 1.000 tỷ đồng.
Quá trình làm việc với cơ quan điều tra từ ngày 26/12/2022 đến ngày 15/1/2023, bị cáo Nguyễn Cao Trí không thừa nhận đã nhận 1.000 tỷ đồng của bà Trương Mỹ Lan.
Người này cũng khai việc gặp Hồ Quốc Minh là tình cờ, không giao giấy tờ, tài liệu cho Minh ký.
Sau đó, mặc dù đã có Bản kết luận giám định số 20/KL-KTHS ngày 6/1/2023 của Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an xác định chữ viết của Nguyễn Cao Trí trong các tài liệu do Trí lập để theo dõi, xác nhận số tiền đã nhận của Trương Mỹ Lan do Cơ quan điều tra thu giữ, nhưng bị cáo Nguyễn Cao Trí vẫn không thừa nhận việc đã nhận tiền của bà Trương Mỹ Lan.
Bị cáo Nguyễn Cao Trí cho rằng bà Trương Mỹ Lan vu khống, bôi nhọ danh dự của bị cáo.
Việc làm trên của ông Trí, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao nhận định, là thể hiện ý thức chiếm đoạt tài sản của bà Trương Mỹ Lan. Hành vi của ông Trí có đủ yếu tố cấu thành tội Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản quy định tại khoản 4 điều 175 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Bị cáo Trương Mỹ Lan đã có đơn yêu cầu làm rõ, xử lý hành vi của Nguyễn Cao Trí chiếm đoạt tài sản của Lan và thu hồi số tiền 1.000 tỷ đồng để giải quyết theo quy định pháp luật.
