Lý do thu hồi là do chủ đầu tư không đưa đất vào sử dụng. Dự án cũng đã bị Sở Kế hoạch Đầu tư TP. HCM ban hành quyết định chấm dứt hoạt động dự án, thu hồi giấy chứng nhận đầu tư.
UBND TP. HCM yêu cầu chủ đầu tư có trách nhiệm bàn giao khu đất cho Trung tâm phát triển quỹ đất thuộc Sở Tài nguyên Môi trường TP. HCM. Thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính về đất đai đối với nhà nước, các nghĩa vụ tài chính khác (nếu có) theo quy định.
Trung tâm phát triển quỹ đất tiếp nhận, quản lý khu đất và đề xuất phương án sử dụng đất.
Khu đất trên có vị trí vàng khi rộng 2,9ha, có 4 mặt tiền nằm sát bên UBND TP. Thủ Đức được UBND TPHCM giao cho Công ty Cổ phần Đầu tư thương mại Đặng Trần từ năm 2006, với mục đích xây dựng bệnh viện quy mô 500 giường bệnh phục vụ người dân. Nhưng đến nay sau 17 năm, bệnh viện vẫn nằm trên giấy, khu đất vẫn là một bãi đất hoang.
Khi giao đất, UBND TP. HCM đã ghi rõ đây là đất công trình công cộng, dùng để đầu tư xây dựng bệnh viện theo chính sách kêu gọi xã hội hóa đầu tư vào lĩnh vực y tế của Chính phủ. Trong quyết định giao đất, UBND TP. HCM cũng nêu rõ đất thuộc khu đất công trình công cộng, thời hạn sử dụng là 50 năm.
TP. HCM chỉ yêu cầu Công ty CP Đầu tư Thương mại Đặng Trần đóng tiền giá trị đất bằng với giá tiền bồi thường giải phóng mặt bằng, làm hạ tầng. Tiền sử dụng đất của toàn bộ 2,9 ha này được Hội đồng Thẩm định Bồi thường TP. HCM xác định là 9,2 tỷ đồng được miễn đóng, do chính sách ưu đãi đầu tư trong lĩnh vực y tế, giáo dục.
Tổng số tiền mà Công ty Đầu tư Thương mại Đặng Trần nộp ngân sách chỉ hơn 22 tỷ đồng.
Tháng 8/2007, Sở Tài nguyên Môi trường đã cấp sổ hồng cho Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại Đặng Trần.
Tháng 3/2009, UBND TP. HCM cấp giấy chứng nhận đầu tư dự án Bệnh viện Ngọc Tâm. Trong giấy chứng nhận đầu tư, UBND TPHCM nêu rõ, sau 12 tháng kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đầu tư mà dự án không được triển khai hoặc triển khai chậm tiến độ thì cơ quan cấp giấy chứng nhận có quyền thu hồi quyết định chấm dứt hoạt động của dự án.
Đến tháng 5/2009, chủ đầu tư làm lễ khởi công xây dựng dự án Bệnh viện Ngọc Tâm rồi bỏ hoang cho đến nay.
Tháng 7/2008, trên giấy chứng nhận quyền sử dụng khu đất này đã thay tên Công ty cổ phần Đầu tư Thương mại Đặng Trần bằng Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại Việt Tín.
Tháng 2/2009, UBND TP. HCM cấp giấy chứng nhận đầu tư cho Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại Việt Tín để đầu tư dự án Bệnh viện Ngọc Tâm.
Tháng 4/2009, Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại Việt Tín lập hợp đồng góp vốn bằng quyền sử dụng đất khu đất trên với Công ty CP Bệnh viện Ngọc Tâm, với trị giá góp vốn là 105 tỷ đồng.
Từ năm 2014 - 2016, khu đất của dự án Bệnh viện Ngọc Tâm được đem thế chấp vay Sacombank chi nhánh Bình Thạnh hơn 220 tỷ đồng.
Sau 17 năm giao đất, dự án Bệnh viện Ngọc Tâm 500 giường chỉ là bãi đất trống.
Đến năm 2016, UBND TP. HCM đã chỉ đạo các, ngành vào cuộc kiểm tra, làm rõ các sai phạm tại dự án Bệnh viện Ngọc Tâm.
Sau khi kiểm tra, Sở Tài nguyên Môi trường kết luận, Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại Đặng Trần, Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại Việt Tín, Công ty Cổ phần Bệnh viện Ngọc Tâm xin giao đất để đầu tư xây dựng bệnh viện nhưng không có năng lực để thực hiện dự án, không triển khai thực hiện mà chỉ mang khu đất đi góp vốn, chuyển nhượng lòng vòng, thế chấp, cầm cố để lấy tiền phục vụ vào mục đích khác.
Do đó, UBND TP. HCM chỉ đạo xem xét, thu hồi giấy phép đầu tư, thu hồi dự án, thu hồi 2,9 ha đất đã cấp cho Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại Đặng Trần để nhà nước quản lý, giao đơn vị có năng lực đầu tư bệnh viện.
