Theo kết luận thanh tra, trong giai đoạn 2011-2017, Bộ Công Thương đã cổ phần hóa, chuyển đổi 13 doanh nghiệp Nhà nước thành công ty cổ phần, tương đương 65% số doanh nghiệp phải cổ phần hóa.
Trong quá trình cổ phần hóa, Thanh tra Chính phủ phát hiện nhiều tồn tại, hạn chế. Một số doanh nghiệp không hoàn thành theo đề án được duyệt, xử lý tài chính, công nợ, đất đai sai quy định; tỷ lệ vốn Nhà nước bán được quá thấp so với phương án, không chọn được nhà đầu tư chiến lược. Cùng đó, quản lý đất đai gắn với cổ phần hóa còn vướng mắc, thiếu chặt chẽ, quyết toán cổ phần hóa chậm.
Cụ thể, tại Tổng công ty Thép Việt Nam (VNSteel), Thanh tra Chính phủ phát hiện việc phê duyệt giá trị doanh nghiệp có một số nội dung là không đúng. Chẳng hạn việc xác định không đúng tỷ lệ phần trăm chất lượng còn lại của 127 máy móc thiết bị của Thép miền Nam và Thép tấm lá Phú Mỹ, khiến xác định giá trị tài sản của VNSteel thiếu gần 345 tỷ đồng.
Hay việc xác định giá trị hai thửa đất tại Hà Nội và TP. HCM là 313,9 tỷ đồng, nhưng VNSteel chưa hoàn thành thủ tục để nộp ngân sách khi thực hiện cổ phần hóa.
Tại Tập đoàn Dầu khí quốc gia Việt Nam (PVN), Thanh tra Chính phủ phát hiện khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa Công ty cổ phần Phân bón dầu khí Cà Mau (PVCFC) sai công thức. Dẫn tới giá trị thực tế phần vốn nhà nước để cổ phần hóa doanh nghiệp này thiếu hơn 261 tỷ đồng, cùng với khoản lãi chênh lệch tỉ giá 79,8 tỷ đồng chưa được xử lý.
Đối với Công ty cổ phần Lọc hóa dầu Bình Sơn (BSR), việc áp dụng tỉ lệ trích tối đa (10%) quỹ khoa học công nghệ/thuế thu nhập doanh nghiệp là thiếu cơ sở, vượt tỉ lệ tối thiểu. Do đó, số tiền trích vượt 381,3 tỷ đồng, nên BSR xác định thiếu lợi nhuận sau thuế phải nộp về PVN là 362,3 tỷ đồng, thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp là 19 tỷ đồng.
Còn tại Tổng công ty Máy động lực và Máy nông nghiệp Việt Nam (VEAM), Thanh tra Chính phủ chỉ ra việc Bộ Công Thương phê duyệt giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa gồm hai khoản đầu tư góp vốn tại Matexim Hà Nội và Disoco không đúng thời điểm đã làm giảm giá trị hơn 3.200 tỷ đồng. Việc xác định giá trị doanh nghiệp cũng chưa đối chiếu đầy đủ các khoản công nợ phải thu, phải trả lên tới hàng nghìn tỷ đồng.
Trường hợp của Công ty Cổ phần Fococev Việt Nam được xác định có vi phạm khi xử lý tài chính với khoản nợ phải thu quá hạn không có khả năng thu hồi. Thời điểm chuyển sang công ty cổ phần (tháng 5/2016), số nợ không xác định vào giá trị doanh nghiệp khoảng 1.176 tỷ đồng.
Đối với việc thực hiện phương án sử dụng đất đai khi cổ phần hóa, Thanh tra Chính phủ chỉ ra những tồn tại, vi phạm trong thực hiện cổ phần hóa tại các doanh nghiệp như VEAM, Fococev, Vinatrans, Tổng công ty Phát điện 3 (EVNGENCO3).
Điển hình nhất tại Fococev, việc sắp xếp lại, xử lý nhà đất thuộc sở hữu nhà nước của doanh nghiệp này ở Đà Nẵng, Khánh Hòa, Quảng Ngãi, Gia Lai, Đắk Lắk... được thực hiện không đúng quy định. Có những diện tích nhà đất được mua, chuyển nhượng nhưng chưa hoàn tất thủ tục.
Ngoài ra là những tồn tại trong việc bán cổ phần, lựa chọn nhà đầu tư chiến lược đều không đạt tỉ lệ theo phương án được phê duyệt, không chọn được nhà đầu tư chiến lược. Bao gồm các công ty như EVNGENCO3, MIE, VEAM...
Từ những vi phạm này, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ ngành, đơn vị liên quan xử lý về kinh tế hơn 2.338 tỷ đồng. Đồng thời, chuyển vi phạm về quản lý, sử dụng đất đai tại Fococev ở Khánh Hòa, Đăk Lăk sang cơ quan điều tra Bộ Công an.
