Quy hoạch đặt mục tiêu đến năm 2030, Phú Yên có cơ cấu kinh tế phát triển dựa trên lợi thế biển với các trụ cột: Công nghiệp (luyện kim, lọc, hóa dầu, năng lượng...); du lịch dịch vụ chất lượng cao; nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; vận tải biển và logistics.
Phấn đấu từ năm 2035 tỉnh Phú Yên tự cân đối được ngân sách nhà nước, trở thành một trung tâm kinh tế biển của vùng duyên hải Trung Bộ, có hệ thống đô thị thông minh, xanh, bền vững, bản sắc, trong đó những đô thị ven biển thu hút khách du lịch và có môi trường đáng sống của vùng và cả nước.
Quy hoạch cũng xác định các nhiệm vụ trọng tâm, đột phá phát triển Phú Yên. Cụ thể, tạo dựng môi trường đầu tư, kinh doanh thông thoáng, minh bạch, thân thiện, nâng dần vị trí xếp hạng các chỉ số của tỉnh lên thuộc nhóm tốt của cả nước.
Ưu tiên phát triển hạ tầng giao thông với tuyến đường ven biển, các trục giao thông chính gắn kết với các trung tâm, các đầu mối giao thương lớn của vùng và cả nước.
Đồng thời, liên kết phát triển với các tỉnh trong khu vực; xây dựng hình ảnh và quảng bá du lịch cả trong nước và quốc tế; khai thác hiệu quả các tiềm năng du lịch hiện có của địa phương.
Phú Yên sẽ duy trì tốc độ tăng trưởng công nghiệp ở mức cao, theo hướng bền vững và là động lực chính cho tăng trưởng kinh tế, đưa Phú Yên trở thành một trong những tỉnh có công nghiệp thuộc nhóm phát triển mạnh của vùng, các khu công nghiệp với công nghệ hiện đại thu hút đầu tư các lĩnh vực có giá trị gia tăng cao.
Đồng thời, phát triển một số ngành công nghiệp có lợi thế cạnh tranh như sau: Luyện kim; lọc, hóa dầu; sản xuất năng lượng (điện gió, điện mặt trời, các dạng năng lượng mới hydro, Amoniac xanh...); hóa chất (hóa dược, phân bón..); chế biến nông, lâm, thủy sản; cơ khí - chế tạo; sản xuất sản phẩm gắn công nghệ số (sản xuất các sản phẩm thiết bị điện tử, viễn thông và công nghệ thông tin, công nghiệp phần mềm, công nghiệp tự động hóa, thiết kế và sản xuất chíp..); …
Phát triển du lịch tỉnh Phú Yên trở thành ngành kinh tế mũi nhọn, động lực phát triển kinh tế - xã hội, có hệ thống cơ sở hạ tầng và dịch vụ du lịch đồng bộ, hiện đại, giàu bản sắc văn hóa; lấy du lịch nghỉ dưỡng biển đảo làm chủ đạo, phát triển theo hướng cao cấp, chuyên biệt, cùng với du lịch MICE…
Bên cạnh đó, Phú Yên cũng tập trung phát triển dịch vụ logistics gắn với cảng hàng không Tuy Hòa, bến cảng Vũng Rô và bến cảng nước sâu Bãi Gốc, cảng cạn ICD Đông Hòa trên cơ sở tập trung cải thiện các dịch vụ lưu kho nội địa, các dịch vụ giá trị gia tăng và cơ sở hạ tầng đường bộ, đường sắt, đường thủy và đường hàng không. Hình thành các trung tâm logistics gắn với các đô thị lớn của tỉnh và các khu công nghiệp trên địa bàn.
