Theo Hội đồng Xét xử, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng do Trịnh Tiến Dũng (sinh năm 1973, đang bị truy nã quốc tế) chủ mưu với thủ đoạn hết sức tinh vi.
Dũng đã sắp xếp mỗi người một công đoạn, tạo thành một chuỗi hành vi để các bị cáo trong vụ án không nhận ra hành vi phạm tội của Dũng, mà giúp sức cho Dũng thực hiện hành vi phạm tội. Hành vi của các bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, xâm phạm trực tiếp đến nguồn thu của nhà nước, xâm phạm quy trình kinh doanh lành mạnh của thị trường Việt Nam...
Theo Hội đồng Xét xử, cả 67 bị cáo trong vụ án đã phạm vào các tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, sản xuất buôn bán hàng giả, vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới, vi phạm quy định về quản lý tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí, buôn lậu, nhận hối lộ, lừa đảo chiếm đoạt tài sản, sử dụng tài liệu giả của cơ quan tổ chức, làm giả tài liệu của cơ quan tổ chức.
Đối với 15 bị cáo Cục Thuế TP. HCM, Hội đồng Xét xử tuyên phạt mức án từ 2 năm tù (cho hưởng án treo) đến 4 năm tù giam về tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí. Trong đó, bản án tuyên phạt bị cáo Nguyễn Thị Bích Hạnh, cựu Phó cục trưởng Cục thuế TP. HCM 4 năm tù, về tội vi phạm quy định về quản lý tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Theo Hội đồng xét xử, bị cáo Nguyễn Thị Bích Hạnh là người chỉ đạo, ký các quyết định hoàn thuế cho Thuduc House đối với 15 kỳ (từ tháng 4/2018 đến tháng 6/2019) trái quy định, bỏ qua các dấu hiệu rủi ro về thuế; Không áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế để có ý kiến chỉ đạo các bộ phận giải quyết hoàn thuế cho Thuduc House áp dụng đúng, đầy đủ quy trình và các văn bản hướng dẫn về quản lý hoàn thuế, gây thất thoát cho Nhà nước 331 tỷ đồng.
Ba bị cáo từng là cựu cán bộ Chi cục Thuế các quận 1, 3, 5 gồm: Đào Thị Nga, Nguyễn Phương Nam, Ngô Huỳnh Luỹ bị tuyên phạt 4-12 năm tù về tội nhận hối lộ.
Đối với nhóm bị cáo Cục Hải quan TP. HCM, Hội đồng Xét xử tuyên phạt mức án từ 2-3 năm tù nhưng cho hưởng án treo.
Đối với nhóm bị cáo Thuduc House, Hội đồng Xét xử tuyên phạt các bị cáo từ 3 năm tù (cho hưởng án treo) đến 15 năm tù giam. Trong đó, bị cáo Quan Minh Tuấn (cựu Kế toán trưởng), lãnh 10 năm tù về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản, 5 năm tù về tội vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.
Bị cáo Nguyễn Vũ Bảo Hoàng (cựu Tổng Giám đốc Thuduc House), bị tuyên phạt 4 năm tù về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản và 2 năm tù về tội vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.
Với vai trò là người đại diện của Thuduc House, bị cáo Hoàng là người chịu trách nhiệm chung về các hoạt động kinh doanh của công ty. Bị cáo đã đồng ý với phương án kinh doanh mà bị cáo Nguyễn Thị Bích Ngọc (cựu Trưởng Phòng kinh doanh xuất nhập khẩu Công ty Thuduc House), bị cáo Quan Minh Tuấn (cựu Kế toán trưởng Công ty Thuduc House đề xuất).
Bị cáo Hoàng còn đồng ý chủ trương do Quan Minh Tuấn đề xuất, lợi dụng các hợp đồng tư vấn dịch vụ, tư vấn hợp đồng đã ký với Công ty Phương Nam để ghi tăng thêm 80% trị giá dịch vụ phải thanh toán cho Công ty Phương Nam và công ty này sẽ chuyển lại phần trị giá ghi tăng để sử dụng cho các hoạt động ngoài sổ sách của công ty. Hành vi này gây thiệt hại cho Thuduc House số tiền 7,7 tỷ đồng.
Hội đồng Xét xử cũng tuyên các phần dân sự. Trong đó buộc Thuduc House phải hoàn trả cho Cục Thuế TP. HCM số tiền 365 tỷ đồng tiền thuế đã hoàn.
