Theo đó, các bị can bị đề nghị truy tố gồm có Quách Văn Đức (nguyên Chủ tịch Hội đồng Quản trị); Phan Thanh Vĩnh Toàn (nguyên Tổng giám đốc); Đỗ Tấn Điểm và Nguyễn Văn Hồng (cùng nguyên Thành viên Hội đồng Quản trị Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch).
Tổng Công ty Tín Nghĩa, Công ty cổ phần Cao su Công nghiệp, Công ty cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch, đều là doanh nghiệp nhà nước, trực thuộc Tỉnh ủy Đồng Nai.
Vào ngày 17/10/2003 Công ty Tín Nghĩa có văn bản gửi Tỉnh ủy, UBND tỉnh Đồng Nai xin chủ trương đầu tư khu dân cư trên đất trồng cao su tại huyện Nhơn Trạch.
UBND tỉnh Đồng Nai đã chấp thuận cho Công ty Tín Nghĩa và Công ty Cao su công nghiệp góp vốn để thành lập Công ty cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch (vốn điều lệ 100 tỉ đồng, mỗi đơn vị góp 50%) đầu tư khu dân cư Long Tân và Phú Thạnh (huyện Nhơn Trạch).
Trong văn bản gửi cho UBND tỉnh Đồng Nai ngày 23/2/2005, Sở Tài nguyên- Môi trường có nêu 'theo quy định Nghị định 181/2004/NĐ-CP của Chính phủ, trường hợp sử dụng đất của Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch thuộc diện đấu giá'.
Tuy nhiên, vào ngày 2/7/2005 bà Đặng Thị Kim Nguyên, Phó chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai (nay đã nghỉ hưu) vẫn ký văn bản chấp thuận chủ trương giao đất, có thu tiền sử dụng đất không thông qua hình thức đấu giá. Đồng thời, ban hành quyết định thu hồi 752 ha đất tại xã Long Tân và Phú Thạnh để thực hiện dự án (năm 2007 điều chỉnh diện tích còn trên 5.669.995 m2).
Đến năm 2017, mặc dù chưa xin chủ trương của UBND tỉnh Đồng Nai, nhưng ông Quách Văn Đức vẫn họp Hội đồng Quản trị với Phan Thanh Vĩnh Toàn, Đỗ Tấn Điểm, Nguyễn Văn Hồng… bàn kế hoạch hợp tác với Công ty CFLD (công ty mẹ của Công ty VNIC 2 PTE.LTD đóng tại Singapore) và ủy quyền cho ông Đức toàn quyền quyết định.
Trên cơ sở này, ông Đức và ông Toàn làm việc, thỏa thuận với đối tác góp vốn bằng quyền sử dụng đất trên diện tích 341.252 m2 (phần đã được cấp chủ quyền trong dự án) và được thẩm định giá trên 380 tỷ đồng (do Công ty Cổ phần thông tin và thẩm định giá Miền Nam thực hiện).
Sau đó, ông Đức chủ trì họp Hội đồng Quản trị, thống nhất giá trị quyền sử dụng đất hợp tác đầu tư là 43,5 USD/m2 và góp toàn bộ diện tích hơn 1 triệu m2 tại phân khu 1A, 1B của khu dân cư Phú Thạnh – Long Tân với Công ty VNIC 2 PTE.LTD để xây dựng thành khu dân cư mang tên 'Thành phố Thiên Nga'.
Vào tháng 10/2017, Phó chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai Trần Văn Vĩnh (nay đã nghỉ hưu) đã ký quyết định chấp thuận cho cho Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch góp 113 tỷ đồng (chiếm 20% vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất), phía đối tác góp 435 tỷ đồng (80%) để thực hiện dự án.
Cũng trong năm 2017, ông Quách Văn Đức ký kết liên doanh với Công ty VNIC 2 PTE.LTD để thành lập Công ty TNHH Thành phố công nghiệp mới Nhơn Trạch. Trong đó, Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch góp vốn hơn 1 triệu m2 tại phân khu 1A, 1B, giá trị 1.045 tỷ đồng (tương đương 43,5 USD/m2).
Sau thương vụ này, Công ty TNHH Thành phố công nghiệp mới Nhơn Trạch đã thanh toán lại số tiền chênh lệch trên 932 tỷ đồng từ góp vốn dôi dư cho Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch. Nhận được số tiền trên, Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch tự ý dùng số tiền này để trả nợ các khoản trước đó mà không báo cáo xin ý kiến của Tỉnh ủy, UBND tỉnh Đồng Nai.
Cơ quan điều tra xác định các bị can thực hiện không đúng các quyết định của UBND tỉnh Đồng Nai, tự họp Hội đồng Quản trị thống nhất chủ trương góp trên 1 triệu m2 đất (thực tế là chuyển nhượng) nhưng chỉ có 341.252 m2 được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Đồng thời, ông Quách Văn Đức căn cứ trên chứng thư thẩm định giá đã hết hiệu lực, tự ý thương lượng góp vốn xác định diện tích trên 1 triệu m2 có giá trị hơn 1.045 tỷ đồng (giá trị định giá thời điểm năm 2017 gần 1999 tỷ đồng và năm 2022 là 2.258 tỷ đồng).
Cơ quan điều tra cho rằng, tại thời điểm trên, phần vốn nhà nước tại Công ty Cổ phần đầu tư Nhơn Trạch chiếm 29,54%. Do đó, lấy giá trị định giá thời điểm 2017 (gần 1.999 tỷ đồng), khấu trừ các giá trị thỏa thuận với đối tác (1.045 tỷ đồng), tổng số tiền nhà nước bị thiệt hại gần 279 tỷ đồng. Hành vi của bị can Đức chịu trách nhiệm chính, chủ mưu cầm đầu, các bị can khác là đồng phạm giúp sức.
