Theo cáo trạng, Thành làm kế toán trưởng, quản lý, điều hành phòng kế toán, báo cáo và phân tích kịp thời các vấn đề liên quan đến nghiệp vụ tài chính của Công ty TNHH Pilmico Việt Nam (100% vốn nước ngoài) từ năm 2013, ngành nghề kinh doanh là sản xuất thức ăn thủy sản, gia súc, sản xuất bột cá...
Từ 1/2017 - 4/2020, lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, Thành đã làm giả 181 ủy nhiệm chi thanh toán tiền cho khách hàng để chiếm đoạt của Công ty Pilmico Việt Nam hơn 228,2 tỷ đồng.
Vào tháng 4/2020, Công ty Pilmico International PTL.LTD ở Singapore yêu cầu Công ty Pilmico Việt Nam trực thuộc chuyển 330 tỷ đồng lợi nhuận về công ty. Do không còn tiền để chuyển nên Thành tự giác thừa nhận hành vi phạm tội của mình với lãnh đạo công ty.
Do Thành không có khả năng khắc phục hậu quả, gây ảnh hưởng đến sự phát triển của công ty nên tháng 7/2020, Công ty Pilimico Việt Nam làm đơn tố giác hành vi phạm tội của Thành đến Công an tỉnh Đồng Tháp.
Ngày 28/9/2020, Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an tỉnh Đồng Tháp khởi tố vụ án, khởi tố bị can và bắt tạm giam Thành về tội tham ô tài sản để xử lý theo quy định.
Số tiền chiếm đoạt, Thành khai đã mang đi đánh bạc. Hai bị cáo Nguyễn Tấn Tài (41 tuổi, ngụ TP. Cao Lãnh) và Trần Văn Quang (37 tuổi, ngụ TP. Vị Thanh, tỉnh Hậu Giang) đã giúp Thành đánh bạc bằng hình thức cá cược bóng đá trên mạng hơn 143 tỷ đồng. Đây là số tiền Thành chiếm đoạt của Công ty TNHH Pilmico Việt Nam.
Hội đồng xét xử TAND tỉnh Đồng Tháp tuyên phạt bị cáo Nguyễn Trung Thành mức án tử hình về các tội tham ô tài sản, đánh bạc, làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức và sử dụng con dấu, tài liệu giả của cơ quan, tổ chức.
Hội đồng xét xử cũng tuyên phạt bị cáo Trần Văn Quang mức án 5 năm tù, bị buộc nộp lại số tiền thu lợi bất chính hơn 82 tỷ đồng và bị cáo Nguyễn Tấn Tài mức án 3 năm tù, nộp lại số tiền thu lợi bất chính gần 500 triệu đồng.
