Ông Phạm Thanh Sơn, Kiểm toán trưởng Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành 7 đã nêu lên những vấn đề này tại hội nghị triển khai công tác ngành kiểm toán ngày 14/1.
Theo ông Sơn, trong năm 2017, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành 7 đã chủ trì 2 cuộc kiểm toán chuyên đề về hệ thống công nghệ thông tin liên quan đến quản lý thu ngân sách nhà nước tại Tổng cục Thuế và Tổng cục hải quan.
Tại Tổng cục Thuế, theo ông, đoàn kiểm toán đã phát hiện lỗi Tổng cục Thuế không tiến hành phạt hành chính theo quy định các hành vi nộp tờ khai chậm trễ. Việc phản ánh thuế thu nhập doanh nghiệp, các khoản nộp về cổ tức, lợi nhuận doanh nghiệp chưa đầy đủ, chưa phù hợp.
Đoàn kiểm toán đã chỉ ra việc Tổng cục Thuế chưa thiết lập quản lý đầy đủ trên hệ thống công nghệ thông tin các số liệu thu từ đất đai, lãi và cổ tức chưa chia của phần góp vốn nhà nước, chưa thiết lập quản lý đầy đủ các số liệu về hoàn thuế, miễn giảm thuế.
Trên cơ sở đó, cơ quan kiểm toán đã kiến nghị rà soát thông tin số liệu để thực hiện thu hồi nộp vào ngân sách nhà nước trên 380 tỷ đồng.
Cũng nói về thuế, ông Mai Vinh, Kiểm toán trưởng Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành 2 đánh giá tình hình gian lận, thương mại, trốn thuế vẫn phức tạp trong đó đặc biệt là việc kê khai, khấu trừ hoàn thuế giá trị gia tăng.
Theo ông, trong năm 2018, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành 2 đã thực hiện kiểm toán về hoàn thuế giá trị gia tăng và phát hiện nhiều sai sót như: hoàn thuế không đúng đối tượng, hoàn không hợp lệ, hoàn cho chi phí vượt định mức, không phục vụ dự án đầu tư,...
Ông đánh giá một số văn bản của ngành thuế chưa cụ thể gây khó cho cả các cục thuế và người nộp thuế trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng. Câu trả lời của Bộ Tài chính, ngành thuế theo nhận xét cũng chưa thống nhất, nhiều cơ chế chính sách còn tồn tại bất cập.
Qua đó, ông Vinh cho biết cơ quan kiểm toán đã kiến nghị xử lý tài chính gần 1.400 tỷ đồng và hủy 2 văn bản trái quy định, điều chỉnh 5 văn bản. Cơ quan kiểm toán cũng kiến nghị kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của ngành thuế, Bộ Tài chính và các đơn vị liên quan.
Với hải quan, ông Phạm Thanh Sơn, Kiểm toán trưởng Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành 7 cho biết đoàn kiểm toán đã kiến nghị xử lý tài chính, tăng thu nộp ngân sách số tiền hơn 571 tỷ đồng.
Theo ông, cơ quan kiểm toán đã phát hiện việc tính tiền chậm nộp chưa đúng quy định. Qua rà soát hệ thống, đoàn kiểm toán phát hiện có hơn 54.000 bút toán do cán bộ nhập quyết định phải thu sau ngày nhận tiền.
Điều này theo ông dẫn tới hệ thống công nghệ thông tin không phát hiện để tự động tính tiền chậm nộp và gây thất thu ngân sách trên 70 tỷ đồng.
Ông cũng khẳng định đã phát hiện ra thủ đoạn của một số doanh nghiệp lợi dụng cơ chế cho phép mở nhiều tờ khai hải quan để được phân luồng xanh. Cụ thể, cơ quan kiểm toán phát hiện hơn 211.000 tờ khai với tổng giá trị hàng hóa lên tới 15.886 tỷ đồng có tên hàng khai báo tương tự nhưng được phân loại vào các mã hàng hóa với thuế suất khác nhau.
Đáng chú ý, theo đánh giá, hệ thống thông quan điện tử của Tổng cục Hải quan dựa trên phần mềm do Nhật Bản tài trợ nhưng không được cập nhật thay đổi theo các chính sách thuế xuất nhập khẩu của Việt Nam từ tháng 7/2012.
Hệ thống trên cũng không có chốt kiểm soát tự động để phân luồng vàng, luồng đỏ cho các mặt hàng máy móc cũ đã qua sử dụng theo quy định. Hệ thống thông quan tự động và Cơ chế một cửa quốc gia đã tự động phân luồng xanh cho 7.900 tờ khai đối với mặt hàng máy móc, thiết bị, dây chuyền công nghệ đã qua sử dụng, trái với quy định hiện tại.
"Đây là lỗi mà hệ thống thông quan tự động và Cơ chế một cửa quốc gia chưa chặn được, là một trong các nguyên nhân góp phần dẫn đến tình trạng để máy móc cũ tràn về Việt Nam thời gian quan," ông Sơn lên tiếng.
Phía Kiểm toán Nhà nước cũng phát hiện ra tình trạng: Trong suốt 2 năm, hệ thống công nghệ thông tin của Tổng cục Hải quan không cảnh báo, tiến hành cưỡng chế tự động với các tờ khai của doanh nghiệp có nợ vượt quá 90 ngày.
Ngoài ra, quy trình phân loại nợ của Tổng cục Hải quan theo Kiểm toán Nhà nước được thực hiện thủ công, lưu hồ sơ bên ngoài, không có phần mềm theo dõi quy trình phân loại, đôn đốc nợ.
Cũng do không có báo cáo phân tích tình hình nợ theo từng doanh nghiệp, tờ khai nhằm rà soát các khoản nộp thừa, thiếu hoặc theo tiêu chí quản lý nên có tình trạng cho phép doanh nghiệp nợ thuế cần cưỡng chế vẫn được thông quan.
