Theo kết luận điều tra vụ án, trong thời gian xây dựng, phê duyệt, triển khai kế hoạch tái cơ cấu SCB giai đoạn 2015-2019, Ngân hàng Nhà nước đã chỉ đạo Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng triển khai 3 đoàn thanh tra. Trong đó, đoàn thanh tra liên ngành năm 2017-2018 có phạm vi, nội dung thanh tra toàn diện SCB.
Kết quả thanh tra là cơ sở đánh giá đúng tình hình, thực trạng tín dụng, nợ xấu của nhà băng này cũng như tình trạng sở hữu cổ phần, kiểm soát điền hành ngân hàng của bà Trương Mỹ Lan, Tập đoàn Vạn Thịnh Phát. Từ đó là cơ sở để Chính phủ và Ngân hàng Nhà nước có các giải pháp, biện pháp xử lý phù hợp đối với Ngân hàng SCB.
Tuy nhiên, quá trình thanh tra, các cá nhân là lãnh đạo cơ quan thanh tra giám sát ngân hàng, trưởng đoàn, phó đoàn và các thành viên đã có nhiều sai phạm, vi phạm nghiêm trọng, nhận tiền, quà, lợi ích vật chất để bao che, bưng bít thực trạng của SCB.
Cụ thể, ngày 1/8/2017, bị can Nguyễn Văn Hưng, khi đó là Phó chánh thanh tra phụ trách Cơ quan thanh tra, giám sát Ngân hàng Nhà nước đã lập đoàn liên ngành thanh tra SCB hội sở chính và 12 chi nhánh của ngân hàng này. Đoàn có 18 thành viên, 5 tổ công tác do Cục trưởng Cục Thanh tra giám sát ngân hàng II thuộc Ngân hàng Nhà nước Đỗ Thị Nhàn làm trưởng đoàn.
Trong quá trình thanh tra, phát hiện ngân hàng SCB sai phạm tại tất cả các nội dung thanh tra như tăng trưởng tín dụng, phân loại nợ và trích lập dự phòng rủi ro… Đặc biệt là sai phạm trong việc cấp tín dụng, đối với phương án, dự án tái cơ cấu (phương án Chợ Vải, Times Square, Winsorl, Dự án Mũi Đèn Đỏ…).
Hầu hết đều rủi ro mất vốn và SCB cũng không chấp hành các văn bản chỉ đạo của Ngân hàng Nhà nước trong việc cho vay, xử lý lãi dự thu đối với các dự án nêu trên. Tuy nhiên, bị can Nguyễn Văn Hưng chỉ quyết định xử phạt hành chính đối với SCB 965 triệu đồng.
Đầu năm 2018, khi xây dựng dự thảo báo cáo lần đầu phục vụ việc trình bày với lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước và Thủ tướng, bị can Đỗ Thị Nhàn đã chỉ đạo tổ tổng hợp bỏ ngoài số liệu phân loại nợ xấu nhóm 4 và nhóm 5, gồm 3 dự án Mũi Đèn Đỏ, 6A và Royal Garden với tổng dư nợ gần 38.000 tỷ đồng.
Theo cơ quan điều tra, hành vi này đã giúp một số chỉ tiêu tài chính của SCB thay đổi, từ 91.000 tỷ đồng nợ xấu xuống còn 53.000 tỷ đồng; vốn chủ sở hữu từ âm 19.154 tỷ đồng thành dương 2.757 tỷ đồng; lỗ lũy kế âm 31.902 tỷ đồng xuống còn âm 9,991 tỷ đồng, hệ số an toàn vốn riêng lẻ từ âm 4,24% thành dương 5,92%.
Trong báo cáo về kết quả thanh tra tại SCB của Ngân hàng Nhà nước trình bày với Chính phủ, bà Nhàn bị cáo buộc chỉ đạo thành viên đoàn chỉ nêu chung chung, không ghi số liệu trung thực, không đưa thực trạng tài chính yếu kém của SCB. Mục đích để giảm nhẹ "làm mờ" cho các sai phạm của SCB.
Sau khi báo cáo Chính phủ, bị can Đỗ Thị Nhàn tiếp tục yêu cầu bỏ nội dung kiến nghị phân loại nợ nhóm 4, nhóm 5 với 3 dự án tại chi nhánh SCB Cống Quỳnh trong dự thảo. Đoàn thanh tra còn phát hiện rất nhiều sai phạm tại các khoản vay của nhóm 71 khách hàng ở cùng một địa chỉ là số 4 Nguyễn Thị Minh Khai nhưng không đưa vào báo cáo kết quả thanh tra gửi lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước và báo cáo Chính phủ, cũng như chuyển cơ quan điều tra như kiến nghị.
Đáng chú ý, khi thành viên đoàn thanh tra đề xuất đưa SCB vào diện kiểm soát đặc biệt thì ông Nguyễn Văn Hưng gạt nội dung này khỏi báo cáo để Ngân hàng Nhà nước báo cáo Chính phủ. Bên cạnh đó, tại phần kiến nghị, đoàn thanh tra đã đề xuất Chính phủ tiếp tục tạo điều kiện cho ngân hàng SCB thực hiện tái cơ cấu, cho phép nhà băng này xây dựng đề án tái cơ cấu.
Với việc giúp sức cho SCB, từ tháng 4/2016 đến 1/10/2018, bị can Nguyễn Văn Hưng đã nhiều lần nhận quà cảm ơn là tiền từ lãnh đạo SCB với tổng cộng 390.000 USD (tương đương 8,7 tỷ đồng). Trong đó, riêng thời gian thực hiện thanh tra, bi can Hưng nhận 310.000 USD.
Bị can Đỗ Thị Nhàn nhận hối lộ từ SCB cao nhất trong vụ án với số tiền tới 5,2 triệu USD. Bị can Nguyễn Thị Phụng, phó trưởng đoàn thanh tra, thừa nhận nhiều lần nhận tiền từ SCB với tổng số tiền 20.000 USD và 210 triệu đồng, quà và lợi ích vật chất từ SCB gồm 1 đồng hồ, 1 túi xách và 1 chiếc khăn trong quá trình thanh tra. Phụng đã sử dụng số tiền này vào mục đích cá nhân.
Bị can Đỗ Anh Tuấn, tổ trưởng tổ thanh tra số 3, đã nhận tiền của SCB thông qua Võ Tấn Hoàng Văn đưa 4 lần, mỗi lần 10.000 USD tổng cộng 40.000 USD. Tuấn khai đã trả lại 20.000 USD, còn lại sử dụng cá nhân.
Bị can Trần Văn Tuấn, tổ trưởng tổ thanh tra số 4, cũng 4 lần được SCB đưa tiền, quà, lợi ích vật chất tổng cộng 6.000 USD và 40 triệu đồng. Lê Thanh Hà, tổ trưởng tổ thanh tra số 5, thì 5 lần nhận tiền từ tổng giám đốc SCB và các giám đốc chi nhánh Gia Lai, chi nhánh Hai Bà Trưng, tổng cộng 14.000 USD và 100 triệu đồng.
Trương Việt Hưng, thành viên tổ thanh tra số 4, chưa thừa nhận việc nhận tiền và quà từ SCB trong quá trình tham gia đoàn thanh tra. Tuy nhiên lời khai của các thành viên trong tổ thanh tra và các cá nhân tại SCB khẳng định Hưng đã 2 lần nhận tiền.
Lần thứ nhất Hưng nhận 1.000 USD vào ngày công bố quyết định thanh tra, lãnh đạo SCB đưa cho tất cả thành viên trong đoàn, trong đó thành viên thuộc Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước và Ủy ban Giám sát tài chính quốc gia nhận số tiền 1.000 USD. Lần thứ hai vào dịp nghỉ lễ 2/9/2017, lãnh đạo SCB đưa 5.000 USD cho thành viên tổ 4 và các thành viên đoàn thanh tra.
Nguyễn Duy Phương, thành viên tổ 4, khai 2 lần được SCB đưa tiền tổng cộng 1.000 USD và 20 triệu đồng. Với số tiền 5.000 USD thì Phương không nhớ. Tuy nhiên tài liệu điều tra đến nay có cơ sở xác định SCB đưa số tiền 5.000 USD cho Phương cùng các thành viên đoàn trong một đợt nghỉ lễ trên; Nguyễn Văn Thùy, thành viên tổ 1, khai 6 lần nhận tiền tổng cộng 21.000 USD và 60 triệu đồng từ SCB.
Ngoài các cá nhân trên, Bộ Công an xác định có 3 người thuộc Kiểm toán Nhà nước và Ủy ban Giám sát tài chính quốc gia gồm Lại Văn Bách, Bùi Vũ Hồng Trang, Phạm Thùy Linh, mỗi người nhận 9.000 USD và 100 triệu đồng từ SCB.
