Sau khi tổ chức họp bất thường, ngày 24/5/2016, HĐQT Cienco 5 đã ban hành Nghị quyết số 784/NQ-TCT5. Theo đó Cienco 5 quyết định miễn nhiệm chức danh Tổng giám đốc đối với ông Hà Hùng. Đối với Dự án Đầu tư BT đường trục phía Nam Hà Tây cũ và các dự án đối ứng Thanh Hà Cienco 5 A, B, Cienco 5 - Mỹ Hưng, HĐQT thống nhất chủ trương: Dừng hoạt động của doanh nghiệp dự án (DNDA) Cienco 5 Land đối với Dự án Đầu tư BT đường trục Nam Hà Tây (cũ) và các dự án đối ứng Thanh Hà Cienco 5 A, B, Cienco 5 - Mỹ Hưng. Bên cạnh đó, Tổng công ty với vai trò là nhà đầu tư dự án BT và là chủ đầu tư dự án đối ứng sẽ trực tiếp triển khai thực hiện dự án theo đúng quy định của pháp luật.
Vẫn theo Nghị quyết của Cienco 5, việc Tổng công ty thành lập, chuyển nhượng vốn đầu tư tại Cienco 5 Land cũng như việc ký hợp đồng giao khoán (thu 2%) thực hiện dự án Thanh Hà Cienco 5 A, B đã có những dấu hiệu vi phạm pháp luật trong quá trình thực hiện, Tổng công ty sẽ có văn bản gửi các cơ quan pháp luật xem xét xử lý theo quy định.
Theo Báo Đấu thầu, với chức năng là nhà đầu tư dự án và nhằm đảm bảo lợi ích nhà nước (vẫn sở hữu 40% cổ phần tại Cienco 5 - Bộ Giao thông Vận tải là đại diện chủ sở hữu), đại diện Cienco 5 cho biết sẽ nỗ lực thực hiện công việc này.
Theo giới thiệu tại website của Cienco 5 Land, doanh nghiệp này đang triển khai các dự án khu đô thị rất tiềm năng tại Hà Nội. Một là dự án Thanh Hà A Cienco 5 có diện tích: 195,51 ha, quy mô dân số khoảng 35.000 người, tổng mức đầu tư 4.378 tỷ đồng; hai là Dự án Thanh Hà B Cienco 5 có diện tích 193,22 ha, quy mô dân số khoảng 25.000 người, tổng mức đầu tư 3.641 tỷ đồng. Dự án Khu đô thị Mỹ Hưng Cienco 5 có diện tích: 182ha, quy mô dân số khoảng 25.000 người . Tổng mức đầu tư: 3.829 tỷ đồng. Các dự án xây dựng mới đồng bộ hệ thống hạ tầng kỹ thuật gồm: San nền, hệ thống giao thông, cấp nước, thoát nước, cấp điện chiếu sáng, thông tin liên lạc, cây xanh cảnh quan.
Trước đó, có tin Tập đoàn Mường Thanh đã chi khoảng 1.500 tỷ đồng sở hữu 95% cổ phần tại Cienco 5 Land.
Dự án Đầu tư xây dựng đường trục phía Nam tỉnh Hà Tây (cũ) do Cienco 5 là nhà đầu tư và Cienco 5 Land là DNDA được đầu tư theo hình thức xây dựng – chuyển giao (BT). Sau khi mua CP của Cienco 5 vào cuối năm 2015, nhóm cổ đông mới đã tiến hành rà soát hoạt động của DN này và phát hiện nhiều nội dung bất thường liên quan đến hoạt động chuyển nhượng vốn tại Cienco 5 Land cũng như chuyển nhượng phần vốn sở hữu của Cienco 5 tại Cienco 5 Land.
DN này đã ban hành hàng loạt văn bản, trong đó có việc hủy các ủy quyền đối với DNDA giai đoạn trước đây, đề nghị cơ quan chức năng rà soát lại toàn bộ quá trình lựa chọn doanh nghiệp triển khai thực hiện Dự án BT, dự án đối ứng, quá trình triển khai thực hiện các dự án.
Nhìn lại quá trình quản lý vốn nhà nước tại Cienco 5 có thể thấy bộc lộ nhiều vấn đề cần được cơ quan chức năng làm rõ. Trao đổi với truyền thông mới đây, ông Hà Hùng (người vừa bị phế truất khỏi chức danh Tổng giám đốc Cienco 5) cho biết: Cienco5 Land được thành lập theo Quyết định số 2046 (4/12/2007) của HĐQT Cienco 5 với quy mô vốn điều lệ 50 tỷ đồng, trong đó Cienco 5 nắm giữ 49% vốn điều lệ tương ứng 24,5 tỷ đồng.
Việc thành lập một công ty để thực hiện dự án BT nhưng không chi phối vốn đã cho thấy nhiều bất cập. Mặt khác, quá trình thoái vốn của Cienco 5 tại Cienco 5 Land cũng đặt ra nhiều dấu hỏi. Cụ thể, vẫn theo ông Hà Hùng, năm 2009 đã bán bớt phần vốn (1.950.000 cổ phần) của Tổng công ty tại Cienco 5 Land, giảm số cổ phần của Cienco 5 nắm giữ tại Cienco 5 Land xuống còn 5% vốn điều lệ (5 tỷ đồng/100 tỷ đồng).
Bên cạnh đó, Cienco 5 giao cho người đại diện phần vốn của Tổng công ty tại Cienco 5 Land bán quyền mua 2,45 triệu cổ phần phát hành thêm với giá tối thiểu là: 1.000 đồng/quyền mua 1 cổ phần (tương ứng 2,45 tỷ đồng). Câu hỏi đặt ra là, ở thời điểm đó Cienco 5 (DN 100 % vốn nhà nước) có thực hiện đấu giá cổ phần nhà nước theo các quy định hiện hành tại thời điểm đó hay chưa và có hay không việc làm thất thoát tài sản nhà nước khi cổ phần đã không được bán đấu giá trong vụ việc này?