Cụ thể, Nghị định 11 quy định doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức khoa học và công nghệ, trung tâm đổi mới sáng tạo và các tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo (doanh nghiệp) có thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo phát sinh trên địa bàn TP. HCM và đáp ứng các quy định của Hội đồng nhân dân TP. HCM sẽ được được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu nhập này.
Thời gian miễn thuế là 5 năm tính từ thời điểm mà doanh nghiệp phát sinh thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp từ hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo phát sinh trên địa bàn TP HCM trong thời gian Nghị quyết số 98 có hiệu lực. Sau khi Nghị quyết số 98 hết hiệu lực thi hành, thời gian miễn thuế theo quy định tại khoản này chưa kết thúc thì doanh nghiệp tiếp tục thực hiện cho đến khi kết thúc thời gian miễn thuế.
Trường hợp doanh nghiệp đang trong thời gian miễn hoặc thuộc diện miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện hưởng miễn khác với quy định tại Nghị định này thì được lựa chọn hưởng miễn thuế theo điều kiện hưởng miễn thuế khác hoặc miễn thuế theo quy định tại Nghị định này cho thời gian còn lại.
Trong thời gian Nghị quyết số 98 có hiệu lực thi hành, tổ chức có thu nhập từ chuyển nhượng vốn góp, quyền góp vốn vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo trên địa bàn TP HCM đáp ứng được quy định của Hội đồng Thành phố cũng được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu nhập này.
Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, quyền góp vốn quy định tại khoản này là thu nhập có được từ chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ số vốn, quyền góp vốn vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo trên địa bàn TP HCM (bao gồm cả trường hợp bán doanh nghiệp), trừ thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu, trái phiếu, chứng chỉ quỹ và các loại chứng khoán khác theo quy định.
Trường hợp bán toàn bộ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do tổ chức làm chủ sở hữu dưới hình thức chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản thì kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo hoạt động chuyển nhượng bất động sản.
Trường hợp doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp thực hiện xác định, hạch toán thu nhập từ hoạt động được miễn thuế theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp.
Với thuế thu nhập cá nhân, Nghị định 11 quy định trong thời gian Nghị quyết số 98 có hiệu lực thi hành, cá nhân có thu nhập từ chuyển nhượng vốn góp, quyền góp vốn vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo trên địa bàn TP. HCM đáp ứng được quy định của Hội đồng nhân dân TP. HCM sẽ được miễn thuế thu nhập cá nhân đối với khoản thu nhập này.
