Dự án nạo vét, xây kè, bảo tồn cảnh quan sông Sào Khê, thuộc khu di tích lịch sử Cố đô Hoa Lư, được UBND tỉnh Ninh Bình phê duyệt, triển khai thực hiện năm 2001 với số vốn 72 tỷ đồng từ nguồn ngân sách nhà nước, trong đó chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng là 5 tỉ đồng.
Dự án được phê duyệt với mục tiêu tôn tạo, bảo tồn cảnh quan Quần thể di tích Cố đô Hoa Lư; phát triển du lịch lễ hội, cải tạo môi trường; tưới tiêu cho hơn 1.000ha đất canh tác và tạo điều kiện giao thông thủy phục vụ dân sinh kinh tế trong vùng dự án.
Theo kế hoạch của UBND tỉnh, dự án được thực hiện như nạo vét, xây kè, mở rộng lòng sông đoạn từ cầu Đông đến hang Luồn dài trên 2,6 km và thi công xây lắp các cầu qua sông trên tuyến này là cầu Hội, cầu Yên Trạch và cầu Đông.
Đến năm 2009, UBND tỉnh Ninh Bình có quyết định phê duyệt dự án lần cuối, điều chỉnh vốn lên 2.595 tỷ đồng, tăng 36 lần. Đây là dự án có quy mô lớn đa mục tiêu, thực hiện trên nhiều địa bàn, các hạng mục công trình đi theo tuyến dài hơn 14km, qua các khu dân cư, nghĩa trang.
Tuy nhiên, hơn 2 thập kỷ trôi qua, đến nay đã 24 năm trôi qua và trải qua 4 đời chủ tịch tỉnh nhưng dự án này vẫn dở dang. Do dự án không thể hoàn thành nên toàn bộ công trình vẫn còn ngổn ngang, dang dở nhiều nơi. Trong tổng số 14,25km sông phải nạo vét, đến nay mới nạo vét hơn 12km; xây tường kè hơn 8/14,25km; xây dựng được 3/7 cây cầu; số lượng cống tưới tiêu mới đạt 12/36 cống... Toàn bộ dự án gần 2.600 tỷ đồng này lúc nào cũng như một đại công trường.
Bên cạnh đó, thời gian thực hiện dự án đã lâu, các chính sách pháp luật về đất đai, bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng và tái định cư có nhiều thay đổi.
Với những bất cập trên, dự án Nạo vét, xây kè, bảo tồn cảnh quan sông Sào Khê được liệt vào diện dừng triển khai thực hiện để quyết toán công trình theo chỉ đạo của UBND tỉnh Ninh Bình.
Do đó, Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNN) tỉnh Ninh Bình đã có văn bản gửi UBND huyện Hoa Lư đề nghị thu hồi và phê duyệt quyết toán chi phí hỗ trợ bồi thường GPMB dự án nạo vét, xây kè, bảo tồn cảnh quan sông Sào Khê.
