Bộ Tài chính cho biết trước năm 2016, theo Luật thuế tiêu thụ đặc biệt Số 27/2008/QH12 thì thuế tiêu thụ đặc biệt chỉ thu đối với xăng A92 dùng để pha chế với mức thuế suất 10%. Xăng sinh học E5, E10 được pha chế theo tỷ lệ tương ứng 95%, 90% đối với xăng A92 và 5%, 10% đối với cồn sinh học. Theo đó, tỷ lệ thu thuế tiêu thụ đặc biệt đối với 1 lit xăng E5 và xăng E10 là 95% hoặc 90% so với 1 lit xăng A92 (tương đương với mức thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt của xăng E5 là 9,5% và xăng E10 là 9%).
Kể từ năm 2016, để khuyến khích hơn nữa việc sử dụng xăng nhiên liệu sinh học, góp phần bảo vệ môi trường, mức thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng E5 đã được điều chỉnh xuống còn 8%, còn mức 7% được áp dụng đối với xăng E10.
Căn cứ theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 8, Nghị định số 108/2015/NĐ-CP ngày 28/10/2015 của Chính phủ và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt, doanh nghiệp sẽ tùy theo các mức thuế trên mà được khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt tương ứng với tỷ lệ xăng khoáng dùng để sản xuất 2 loại xăng E5 và E10.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Bộ Tài chính nhận thấy, các hãng xăng dầu đang phát sinh số thuế được khấu trừ quá lớn, ảnh hưởng đến nguồn tài chính của doanh nghiệp. Thậm chí, có doanh nghiệp tồn thuế để khấu trừ lên tới con số hàng chục tỷ đồng một tháng. Con số này được dự báo còn tăng cao hơn nhiều trong năm 2018 khi sản lượng xăng nhiên liệu sinh học tiêu thụ nhiều.
Do đó, các doanh nghiệp cũng như Hiệp hội Xăng dầu Việt Nam đang đề nghị Bộ Tài chính cùng các bộ ngành liên quan hướng dẫn lại đối với số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ đối với mặt hàng xăng khoáng dùng để sản xuất xăng sinh học…
Kiến nghị của doanh nghiệp cũng như Hiệp hội Xăng dầu Việt Nam được cho là có cơ sở và phù hợp với tình hình thực tế là từ 1/1/2018 theo chỉ đạo của Chính phủ doanh nghiệp chỉ được bán xăng Ron 95 và xăng E5. Điều này cũng đồng nghĩa số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa khấu trừ của nguyên liệu sản xuất xăng E5 sẽ rất lớn. Chỉ tính riêng Petrolimex, số thuế chưa được khấu trừ phát sinh từ năm 2018 dự kiến vào khoảng 270 tỷ đồng.
Do vậy, Bộ Tài chính cho rằng, để khuyến khích sử dụng xăng sinh học thông qua giá bán và tạo điều kiện cho doanh nghiệp kinh doanh mặt hàng này, Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ cho phép hướng dẫn hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với trường hợp số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng E5, E10.
