Hơn 2.900 tấn cá ngừ, cá thu, mực, tôm… được giao dịch tại chợ hải sản này mỗi ngày với giá trị lên tới 21 triệu USD. Cứ như vậy, trong suốt hơn 80 năm hoạt động, chợ cá Tsukiji luôn là nhà cung cấp hào phóng các loại cá ngừ, hải sản cho những nhà hàng ở khắp thành phố Tokyo và toàn thế giới.
Chợ được chia làm hai khu riêng biệt. "Chợ trong" là chợ bán buôn được cấp phép, nơi diễn ra những cuộc đấu giá và phần lớn quá trình sơ chế cá, và đây cũng là nơi có những quầy hàng của những tiểu thương được cấp phép (xấp xỉ 900 đại lý bán buôn).
"Chợ ngoài" gồm các cửa hàng bán sỉ và lẻ những dụng cụ nhà bếp Nhật Bản, vật tư nhà hàng, tạp phẩm và hải sản, và rất nhiều nhà hàng, đặc biệt là nhà hàng bán sushi. Phần lớn các cửa hàng ở chợ ngoài đóng cửa vào đầu giờ chiều, và các cửa hàng ở chợ trong thậm chí còn đóng cửa sớm hơn.
Khu vực mua bán của chợ bao gồm hàng trăm gian hàng nhỏ trong một khu chợ rộng lớn, sầm uất. Nơi đây, người mua và người bán khẩn trương di chuyển dọc theo các con hẻm nhỏ với các xe cút kít và xe tải.
Chợ cá Tsukiji mở cửa vào hầu hết các buổi sáng (trừ các chủ nhật, ngày lễ và một vài ngày thứ Tư). Điều đặc sắc nhất ở khu chợ này chính là 2 phiên chợ đấu giá cá ngừ (tuna auction) diễn ra hàng ngày vào buổi sáng sớm. Số lượng du khách đến tham quan buổi đấu giá cá ngừ được giới hạn ở mức 120 khách/ngày, đây là mức tối đa để cơ sở vật chất ở chợ có thể đáp ứng.
Những du khách muốn tận mắt chứng kiến buổi đấu giá phải được sự cho phép của Trung tâm Osakana Fukyu (Trung tâm thông tin cá) ở cổng Kachidoki, bắt đầu từ 5 giờ sáng theo nguyên tắc "ai đến trước vào trước" (có thể bắt đầu sớm hơn vào những ngày cao điểm).
Nhóm 60 du khách đầu tiên sẽ được cho vào phiên đấu giá lúc 5h25 đến 5h20 và nhóm 60 người tiếp theo sẽ được vào lúc 5h50 đến 6h15.
Tuy nhiên, cơ sở hạ tầng trong chợ đã cũ kĩ, không gian chật hẹp và những tòa nhà xuống cấp, xập xệ có thể gây độc hại cho sức khỏe... là nguyên nhân khiến chợ cần phải được di dời.
Nhật Bản đã đầu tư khoảng 5,24 tỷ USD để di dời chợ cá lớn nhất thế giới Tsukiji ra khỏi trung tâm thành phố Tokyo. Địa điểm mới này sẽ có hệ thống làm lạnh chuyên biệt, chống động đất và các thiết bị vệ sinh được cải thiện.